Pada awal tahun 1970, Barisan Pembebasan Kebangsaan Moro (MNLF) merupakan kumpulan pemberontak Islam utama berperang di Basilan dan Mindanao di selatan Filipina.[29]

Abdurajik Abubakar Janjalani, abang Khadaffy Janjalani, telah menjadi guru dari Basilan, yang kemudiannya belajar teologi Islam dan Bahasa Arab di Libya, Syria dan Arab Saudi pada 1980-an.[36][37] Abdurajik kemudian pergi ke Afghanistan untuk melawan Kesatuan Soviet dan kerajaan Afghanistan semasa perang Soviet di Afghanistan pada 1980-an. Dalam tempoh itu, dia dikatakan telah bertemu dengan Osama bin Laden dan diberi $ 6 juta untuk menubuhkan lebih banyak kumpulan Islam dengan MNLF di selatan Filipina, yang terdiri daripada ahli-ahli MNLF [38] yang masih ada. Oleh itu, sebagai penyelesaian politik di selatan Filipina, ARMM telah ditubuhkan pada tahun 1989.

Abubakar dan adiknya yang menggantikan beliau sebagai bumiputera di Isabela City, kini salah satu bandar yang paling miskin di Filipina. Terletak di bahagian utara-barat pulau Basilan, Isabela juga ibu negeri wilayah Basilan, merentasi Selat Isabela dari Pulau Malamwi. Tetapi Isabela City yang mentadbir rantau politik Semenanjung Zamboanga utara pulau Basilan, manakala selebihnya wilayah pulau Basilan kini (sejak 1996) ditadbir sebagai sebahagian daripada Wilayah Autonomi Islam Mindanao (ARMM) ke timur.

Kepimpinan Abubakar Janjalani (1989-1998)

MNLF telah sederhana menjadi sebuah kerajaan politik ditubuhkan, ARMM. Ia telah ditubuhkan pada tahun 1989, diinstitusikan sepenuhnya oleh 1996 dan yang akhirnya menjadi kerajaan yang memerintah di selatan Mindanao.

Apabila Abdurajik Abubakar Janjalani pulang ke pulau Basilan pada tahun 1990, ia mengumpulkan ahli radikal MNLF lama yang mahu meneruskan perjuangan bersenjata untuk menubuhkan sebuah negara Islam yang merdeka dan pada tahun 1991 telah menubuhkan Abu Sayyaf.[29]

Janjalani telah menyediakan beberapa pembiayaan oleh Arab Islam, Mohammed Jamal Khalifa, yang datang ke Filipina pada 1987 atau 1988 dan merupakan ketua yayasan Pertubuhan Bantuan Islam Antarabangsa cawangan Filipina. Seorang penyeberang dari Abu Sayyaf memberitahu pihak berkuasa Filipina, "IIRO merupakan disebalik pembinaan Masjid, bangunan sekolah dan projek-projek mata pencarian lain" tetapi hanya "di kawasan ditembusi, sangat dipengaruhi dan dikawal oleh Abu Sayyaf." Menurut penyeberang yang "Hanya 10 hingga 30% daripada dana asing pergi ke bantuan dan mata pencarian projek-projek yang sah dan yang lain pergi ke operasi pengganas."[39][40][41][42] Khalifa telah berkahwin dengan seorang wanita tempatan, Alice "Jameelah" Yabo,[43]

Menjelang tahun 1995, Abu Sayyaf aktif dalam pengeboman besar-besaran dan serangan di Filipina. serangan pertama di Abu Sayyaf adalah serangan ke atas bandar Ipil di Mindanao pada April 1995. Tahun ini juga menandakan pelepasan Khadaffy Janjalani berusia 20 tahun dari Camp Crame di Manila bersama-sama dengan ahli lain bernama Jovenal Bruno.

Pada 18 Disember 1998, Abdurajik Abubakar Janjalani terbunuh dalam pertempuran dengan Polis Kebangsaan Filipina di Pulau Basilan.[44] Beliau dipercayai telah berusia 39 tahun semasa kematiannya.[37] Kematian Aburajik Abubakar Janjalani menandakan titik perubahan dalam operasi Abu Sayyaf, beralih daripada tumpuan ideologi kepada yang lebih umum penculikan, pembunuhan dan rompakan, kerana adik Khadaffy Janjalani menggantikan Abdurajak.

Oleh itu, berada di garis pembahagian sosial atau politik, Basilan, Jolo dan Sulu telah melihat beberapa pertempuran paling sengit antara tentera kerajaan dan kumpulan pemisah Islam Abu Sayyaf melalui awal 1990-an. Abu Sayyaf terutamanya beroperasi di selatan Filipina dengan ahli-ahli perjalanan ke Manila dan wilayah-wilayah lain di negara ini. Dilaporkan bahawa Abu Sayyaf telah mula berkembang ke negara jiran Malaysia dan Indonesia menjelang awal 1990-an.

Abu Sayyaf adalah salah satu yang paling kecil, tetapi kuat daripada kumpulan pemisah Islam di Filipina. Beberapa anggota Abu Sayyaf telah belajar atau bekerja di Arab Saudi dan membangunkan hubungan dengan Mujahidin semasa berlawan dan latihan dalam perang menentang pencerobohan Soviet ke atas Afghanistan.[36] Abu Sayyaf mengisytiharkan diri mereka sebagai mujahidin dan pejuang kebebasan tetapi tidak disokong oleh ramai orang di Filipina termasuk ulama yang beragama Islam.

Kepimpinan Khadaffy Janjalani (1999-2007)

Sehingga kematiannya dalam pertempuran pada 4 September 2006, Khaddafy Janjalani dianggap pemimpin nominal kumpulan dengan Angkatan Tentera Filipina. Khadaffy Janjalani berusia 23 tahun kemudian mengambil kepimpinan salah satu daripada puak Abu Sayyaf dalam perjuangan internesin.[44][45] Beliau kemudian bekerja untuk menyatukan kepimpinan beliau daripada Abu Sayyaf, menyebabkan kumpulan itu untuk hadir aktif bagi tempoh. Selepas kepimpinan Janjalani yang telah diperolehi, Abu Sayyaf memulakan strategi baru, kerana mereka meneruskan untuk mengambil tebusan.

Motif kumpulan bagi penculikan menjadi lebih kewangan daripada agama sepanjang tempoh kepimpinan Khadaffy, menurut penduduk tempatan di kawasan-kawasan yang berkaitan dengan Abu Sayyaf. Wang tebusan mungkin kaedah pembiayaan kumpulan.[38] Kumpulan itu memperluaskan operasinya ke Malaysia pada tahun 2000 apabila ia menculik warga asing dari dua pusat peranginan. Tindakan ini telah dikutuk oleh kebanyakan pemimpin dalam dunia Islam.

Ia juga bertanggungjawab untuk penculikan dan pembunuhan terhadap lebih dari 30 warga asing dan ulama Kristian dan pekerja, termasuk Martin dan Gracia Burnham.[46][47]

Seorang komander bernama Abu Sabaya telah dibunuh pada tahun 2002 ketika cuba untuk mengelakkan daya.[48]

Galib Andang, salah seorang pemimpin kumpulan itu, telah ditangkap di Sulu pada Disember 2003.[44][46][49][50]

Satu letupan di sebuah pangkalan tentera di Jolo pada 18 Februari 2006 telah dipersalahkan ke atas Abu Sayyaf oleh Brig. General Alexander Aleo, seorang pegawai Tentera Darat.[51]

Khadaffy Janjalani didakwa di Mahkamah Daerah Amerika Syarikat bagi Daerah Columbia kerana penglibatannya dalam serangan pengganas, termasuk pengambilan tebusan oleh Abu Sayyaf dan pembunuhan, terhadap warga Amerika Syarikat dan warga asing lain di dalam dan sekitar Republik Filipina.[52]

Oleh itu, pada 24 Februari 2006, Janjalani adalah antara enam berhijrah dalam kumpulan yang kedua dan yang paling baru-baru ini berhijrah didakwa yang akan ditambah kepada Senarai Pengganas Paling Dikehendaki FBI bersama-sama dengan dua rakan-rakan ahli kumpulan Abu Sayyaf, termasuk Isnilon Totoni Hapilon dan Jainal Antel Sali, Jr.[53][54]

Pada 13 Disember 2006, ia telah melaporkan bahawa ahli Abu Sayyaf mungkin telah merancang serangan semasa sidang kemuncak ASEAN di Filipina. Kumpulan itu dilaporkan telah berlatih bersama kumpulan militan Jemaah Islamiyah. Plot dilaporkan terlibat meletupkan bom kereta di Bandar Cebu di mana sidang kemuncak itu dijadualkan untuk mengambil tempat.

Pada 27 Disember 2006, tentera Filipina melaporkan bahawa mayat Janjalani yang telah ditemui berhampiran Patikul, di Jolo di selatan Filipina dan ujian DNA telah diarahkan untuk mengesahkan penemuan itu. Dia dikatakan telah ditembak di leher dalam pertemuan dengan tentera kerajaan pada September Luba Hills, bandar Patikul di Sulu.

Terkini (2010-kini)

Dalam video yang diterbitkan pada musim panas tahun 2014, pemimpin kanan Abu Sayyaf Isnilon Hapilon dan lelaki bertopeng lain berjanji setia mereka atau "bai'ah" kepada khalifah "Negara Islam" (ISIS). "Kita berjanji akan taat kepadanya pada apa-apa yang hati kita inginkan atau tidak dan menghargai dia lebih daripada orang lain. Kami tidak akan mengambil apa-apa amir (pemimpin) selain daripada-Nya kecuali jika kita melihat kepada-Nya apa-apa perbuatan yang jelas kekufuran yang boleh dipersoalkan oleh Allah di akhirat kelak."[55] Selama beberapa tahun sebelum pesaing Negara Islam ini, Al Qaeda, mendapat sokongan daripada Abu Sayyaf "melalui pelbagai sambungan."[55] Pemerhati telah ragu-ragu sama ada ikrar akan membawa kepada Abu Sayyaf menjadi sebuah kota kara ISIS di Asia Tenggara, atau hanyalah satu cara bagi kumpulan itu untuk mengambil kesempatan daripada publisiti antarabangsa Negara Islam.[55]