Sebuah negara daratan pergunungan dengan dataran di utara dan barat daya, Afghanistan terletak di Asia Selatan[8][7][143] dan Asia Tengah.[9] Ianya sebahagian dari ciptaan AS dari Dunia Islam Timur Tengah Lebih Besar, yang terletak antara latitud 29° N and 39° N, and longitud 60° E and 75° E. Titik tertinggi negara ini ialah Noshaq, pada 7,492 m (24,580 ka) atas aras laut. Ianya mempunyai iklim kebenuaan dengan musim salji yang melampau di tanah tinggi tengah, timur laut yang berglasier (sekitar Nuristan), dan Koridor Wakhan, di mana suhu purata pada Januari adalam dibawah −15 °C (5 °F), dan musim panas terik di kawasan bertempat rendah dari Lembangan Sistan dari barat daya, lembangan Jalalabad di timur, dan daratan Turkestan sepanjang Sungai Amu di utara, iaitu purata suhu melebihi 35 °C (95 °F) pada Julai.

Walaupun mempunyai banyak sungai dan takungan, sebahagian besar negara ini adalah kering. Lembangan Sistan endorheic adalah salah satu kawasan yang paling kering di dunia.[144] Selain daripada hujan yang biasa, Afghanistan menerima salji semasa musim sejuk di Hindu Kush dan Pergunungan Pamir, dan salji lebur di musim musim bunga yang memasuki sungai, tasik, dan anak sungai.[145][146] Walau bagaimanapun, dua pertiga daripada air negara mengalir ke negara-negara jiran Iran, Pakistan, dan Turkmenistan. Negeri ini memerlukan lebih daripada AS$2 bilion untuk memulihkan sistem pengairan supaya air diuruskan dengan baik.[147]

Pergunungan timur laut Hindu Kush, di dalam dan sekitar Wilayah Badakhshan Afghanistan, berada dalam kawasan secara geologinya aktif di mana gempa bumi boleh berlaku hampir setiap tahun.[148] Mereka boleh membawa maut dan kadangkala membinasakan, menyebabkan tanah runtuh di beberapa bahagian atau salji runtuh semasa musim sejuk.[149] Gempa bumi kuat terakhir adalah pada 1998, yang mengorbankan kira-kira 6,000 orang di Badakhshan berhampiran Tajikistan.[150] Ini diikuti oleh Gempa Bumi Hindu Kush 2002 di mana lebih 150 orang terbunuh dan lebih 1,000 cedera. Gempa bumi 2010 meninggalkan 11 rakyat Afghanistan terkorban, lebih 70 cedera, dan lebih daripada 2,000 rumah musnah.

Sumber semula jadi di negara ini termasuk: arang batu, tembaga, bijih besi, litium, uranium, unsur nadir bumi, kromit, emas, zink, talkum, barit, sulfur, plumbum, marmar, berharga dan batu permata separa, gas asli dan petroleum, antara yang lain.[151][152] Pada 2010, Amerika Syarikat dan pegawai-pegawai kerajaan Afghanistan menganggarkan deposit mineral yang belum diterokai terletak pada tahun 2007 oleh Kajian Geologi AS bernilai antara $900 bn dan $3 trilion.[153][154][155]

Pada keluasan 652,230 km2 (251,830 bt2),[156] Afghanistan adalah negara ke-41 terbesar di dunia,[157] lebih besar sedikit daripada Perancis dan lebih kecil daripada Burma, kira-kira saiz Texas di Amerika Syarikat. Ia bersempadan dengan Pakistan di selatan dan timur; Iran di barat; Turkmenistan, Uzbekistan, Tajikistan dan di utara; dan China di timur jauh.