Sistem sekolah awam terbesar di AS terletak di New York dan diuruskan oleh Jabatan Pendidikan Bandar Raya New York. Kira-kira 1.1 juta pelajar diajar di lebih 1,200 buah sekolah rendah dan menengah awam.[130] Sekolah carter hanya menerima separa dananya dari orang awam, contohnya Harlem Success Academy dan Girls Prep. Terdapat kira-kira 900 sekolah swasta di bandar raya ini.[131] Bandar Raya New York mempunyai bilangan penuntut universiti yang terbesar di AS dengan kira-kira 594 ribu orang.[132] Pada tahun 2005, tiga perlima penduduk Manhattan ialah lepasan kolej, yang mana satu perempat daripadanya memegang ijazah sarjana ke atas, sekaligus membentuk salah sebuah tumpuan golongan berpendidikan tinggi yang terbesar di kalangan semua bandaraya di Amerika.[133]

Di Bandar Raya New York terletaknya universiti swasta yang terunggul seperti Kolej Barnard, Universiti Columbia, Cooper Union, Universiti Fordham, Macaulay Honors College, Universiti New York, The New School, Universiti Pace, dan Universiti Yeshiva. Selain itu, juga terdapat berpuluh-puluh institusi pengajian tinggi swasta yang lebih kecil, terutamanya institusi keagamaan dan tujuan khas, misalnya Universiti St. John, Juilliard School, Kolej Mount Saint Vincent, dan School of Visual Arts.

Kebanyakan usaha penyelidikan saintifik yang dilakukan di bandar raya ini adalah dalam bidang perubatan dan sains hayat. Bandar Raya New York berbangga dengan jumlah ijazah sains hayat siswazah terbanyak setiap tahun di AS, 40,000 pakar perubatan berlesen, dan 127 pemenang hadiah Nobel yang berakar umbi dari institusi tempatan.[134] Bandar raya ini juga menerima jumlah pembiayaan tahunan kedua terbesar dari National Institutes of Health di kalangan semua bandaraya AS.[135] Antara institusi penyelidikan bioperubatan utama di sini termasuk Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, Universiti Rockefeller, SUNY Downstate Medical Center, Kolej Perubatan Albert Einstein, Sekolah Perubatan Mount Sinai dan Kolej Perubatan Weill Cornell.

Dibuka khusus untuk pembaca di Manhattan, Bronx dan Pulau Staten Perpustakaan Awam New York merupakan sistem perpusatakaan awam yang memiliki himpunan terbesar di Amerika Syarikat.[136] Queens pula mendapat khidmat Perpustakaan Awam Daerah Queens, sistem perpustakaan awam kedua terbesar di negaram, manakala Perpustakaan Awam Brooklyn adalah untuk Brooklyn.[136] Perpustakaan Awam New York mempunyai beberapa perpustakaan penyelidikan, seperti Schomburg Center for Research in Black Culture.