Bandar Raya New York mempunyai sistem transit massa yang paling kompleks dan menyeluruh di Amerika Utara. Kebanyakan sistem ini berjalan 24 jam sehari. Satu pertiga pengguna transit massa di Amerika Syarikat dan dua pertiga penumpang tren di negara ini tinggal di New York dan pinggirannya.[96][97] Sistem New York City Subway ialah rangkaian landasan bawah tanah tersibuk di Hemisfera Barat, manakala Grand Central Terminal (atau "Grand Central Station") ialah stesen keretapi terbesar di dunia dari segi bilangan platform. Ruang udara New York ialah salah sebuah koridor pengangkutan udara yang tersibuk di dunia. Jambatan George Washington ialah jambatan kenderaan bermotor yang tersibuk di dunia.[98]

Warga kota New York paling menggemari sistem transit massa. Pada tahun 2005, 54.6% penduduk New York berulang alik ke tempat kerja dengan menaiki tren transit massa[99]; jauh berbeza jika dibandingkan dengan seluruh AS, di mana kira-kira 90% pengguna memandu kereta ke tempat kerja.[100] Mengikut Biro Banci AS, warga kota New York menghabiskan kira-kira 38.4 minit sehari untuk ke tempat kerja, yakni masa perjalanan terlama antara bandaraya-bandaraya besar di negara.[101]

Bandar Raya New York mendapat khidmat Amtrak yang berhenti di Stesen Pennsylvania. Amtrak menghubungkan New York dengan Boston, Philadelphia, dan Washington, D.C., sepanjang Koridor Timur Laut; dan perkhidmatan keretapi jarak jauh ke bandar-bandar seperti Chicago, New Orleans, Miami, Toronto dan Montreal. Port Authority Bus Terminal, terminal bas antarabandar di bandar raya ini, memberi kemudahan kepada 7,000 bas dan 200,000 penumpang sehari, menjadikannya stesen bas yang tersibuk di dunia.[102]

New York City Subway merupakan sistem alihan laju terbesar di dunia dari segi bilangan stesen yang beroperasi, iaitu 468 buah.[96] Hampir kesemua stesen keretapi bawah tanah New York dibuka 24 jam sehari, berbeza pula dengan bandaraya lain di mana sistem metronya tutup pada waktu tengah malam.

Sistem pengangkutan di Bandar Raya New York menyeluruh dan kompleks sekali, merangkumi jambatan gantung terpanjang di Amerika Utara,[103] terowong kenderaan beralih udara mekanik pertama di dunia,[104] more than 12,000 yellow cabs,[105] sebatang jalan tali udara yang mengangkut penumpang di antara Roosevelt Island dan Manhattan, dan sebuah sistem feri yang menghubungkan Manhattan dengan tempat-tempat lain di dalam dan luar bandaraya. Feri yang paling sibuk di AS ialah Staten Island Ferry yang mengangkut lebih 19 juta penumpang setiap tahun dalam perjalanan sepanjang 5.2-batu (8.4 km) di antara Staten Island dan Lower Manhattan. Sistem alihan deras Staten Island Railway hanya memberikan kemudahan di Staten Island. Tren "PATH" (Port Authority Trans-Hudson) menghubungkan Midtown dan Lower Manhattan dengan bahagian timur laut New Jersey, terutamanya Hoboken, Jersey City dan Newark. Sama dengan New York City Subway, PATH beroperasi 24 jam sehari. Oleh itu, dua daripada empat sistem transit laju di dunia yang beroperasi 24 jam berkhidmat di pulau Manhattan (yang selebihnya ialah sebahagian rangkaian Chicago "L" dan PATCO Speedline).

Kumpulan bas dan rangkaian rel komuter di Bandar Raya New York adalah yang terbesar di Amerika Utara.[96] Rangkaian rel yang menghubungkan kawasan-kawasan pinggir bandar di negeri-negeri New York, New Jersey dan Connecticut dengan bandaraya ini, terdiri daripada Long Island Rail Road, Metro-North Railroad dan New Jersey Transit. Kesemua sistem tersebut yang berjumlah 250 stesen dan 20 landasan ini, bertemu di Grand Central Terminal dan Stesen Pennsylvania.[96][106]

Bandar Raya New York ialah pintu masuk penumpang udara antarabangsa yang paling utama di AS.[107] Kawasan ini mendapat khidmat dari tiga lapangan terbang utama, iaitu Lapangan Terbang Antarabangsa John F. Kennedy, Lapangan Terbang Antarabangsa Newark Liberty dan Lapangan Terbang LaGuardia. Pada tahun 2005, ketiga-tiga lapangan terbang ini dimanfaatkan oleh 100 juta penumpang, jadi ruang udara bandaraya ini adalah yang paling sibuk di negara.[108] Satu perempat penerbangan ke luar negara untuk pelancong AS datang dari JFK dan Newark pada tahun 2004.[109]

Kadar penggunaan transit awam yang tinggi, 120,000 penunggang basikal sehari[110] dan betapa ramainya pejalan kaki menjadikan New York bandaraya utama yang paling cekap tenaga di AS.[111] 21% perjalanan dalam bandaraya ini adalah secara berjalan kaki dan berbasikal; berbanding purata 8% untuk kaedah tersebut bagi semua kawasan metropolitan di seluruh negara.[112]

Untuk melengkapi rangkaian transit massa yang amat besar, New York juga ada sebuah rangkaian expressways and parkway menyeluruh yang menghubungkan Bandar Raya New York dengan New Jersey utara, Kaunti Westchester, Long Island, dan Connecticut barat daya menerusi jambatan dan terowong. Oleh sebab lebuh raya ini memberi kemudahan kepada jutaan penduduk pinggir bandar yang berulang alik ke New York, tidak hairanlah pemandu kereta terkandas dalam kesesakan lalu lintas selama beberapa jam sehari, terutamanya pada waktu sibuk. Jambatan George Washington ialah jambatan yang laing sibuk di dunia dari segi jumlah lalulintas kenderaan.[113]