BoBoiBoy merupakan keluaran sulung Animonsta Studios, syarikat penerbitan animasi yang ditubuhkan oleh Mohd. Nizam Abd Razak bersama tiga rakan lain (Mohd. Safwan Abd Karim, Muhammad Anas Abdul Aziz, dan Kee Yong Pin),[5] setelah mereka meninggalkan Les' Copaque Production, syarikat yang pernah diasaskan oleh Nizam dan Safwan dahulu dan terkenal kerana menghasilkan siri animasi Upin & Ipin dan filem Geng: Pengembaraan Bermula yang pernah diarahkan oleh Nizam. Syarikat Animonsta beroperasi di MAC3, fasiliti pengeraman pembangun kandungan Perbadanan Kemajuan Multimedia (MDeC) di Cyberjaya.[6]

Konsep asal cerita BoBoiBoy berkisarkan makhluk asing yang tiba ke Bumi[7] lalu ketagih akan kopi dan mahu menyaingi keenakan kopi yang dihidangkan di kedai kopi datuk kepada watak utama. Tidak lama kemudian, konsepnya diolah semula kepada serangan makhluk asing ke Bumi untuk memburu koko,[8] "kerana ia lebih dekat dengan jiwa kanak-kanak".[9]

Siri BoBoiBoy diterbitkan dalam dua versi bahasa serentak, iaitu bahasa Malaysia untuk pasaran tempatan dan bahasa Inggeris untuk pasaran antarabangsa, kedua-duanya memanfaatkan bakat pelakon suara tempatan yang terdiri daripada pelbagai kaum dan umur. Untuk dialog bahasa kebangsaan, Nur Fathiah Diaz, bekas pelantun suara watak Upin & Ipin, dipelawa kembali ke bidang lakonan suara untuk menghidupkan watak utama siri ini, iaitu BoBoiBoy.[10]