Empayar Brunei melalui zaman kegemilangannya pada abad ke-15 hingga abad ke-17, sewaktu ia memperluaskan kekuasaannya ke seluruh pulau Borneo dan ke Filipina di sebelah utaranya.

Brunei mencapai kemuncak kekuasaannya pada zaman pemerintahan Sultannya yang kelima iaitu Sultan Bolkiah (1485 - 1524), yang terkenal disebabkan pengembaraan baginda di laut, malah pernah seketika menakluki Manila; dan pada zaman pemerintahan sultan yang kesepuluh, Sultan Muhammad Hasan (سلطان محمد حسن) (TM 1582 - 1598), yang membangunkan susun atur adat istiadat kerajaan dan istana yang masih kekal hingga ke hari ini.

Selepas zaman Sultan Hassan, Brunei memasuki zaman kejatuhan berpunca dari pergolakan dalaman disebabkan perebutan kuasa antara waris diraja dan juga disebabkan timbulnya pengaruh kuasa penjajah Eropah di rantau sebelah sini yang telah menggugat corak perdagangan tradisi serta memusnahkan asas ekonomi Brunei dan kesultanan Asia Tenggara yang lain.

Pada tahun 1839, pengembara Inggeris bernama James Brooke tiba di Borneo dan membantu Sultan menundukkan sebuah pemberontakan. Sebagai balasan, beliau dilantik menjadi gabenor dan kemudiannya "Rajah" Sarawak (سراوق) di barat laut Borneo sebelum meluaskan kawasan di bawah pemerintahannya.

Pada masa yang sama, Syarikat Borneo Utara British (SBUB) sedang meluaskan penguasaannya di timur laut Borneo. Pada tahun 1888, Brunei menjadi sebuah negeri di bawah perlindungan kerajaan British dengan mengekalkan kedaulatan dalam negerinya tetapi hal ehwal luar negara di bawah kawalan British.[6] Pada tahun 1906, Brunei menerima suatu lagi langkah perluasan kuasa British apabila kuasa eksekutif dipindahkan kepada seorang residen British yang menasihati baginda Sultan dalam semua perkara kecuali yang bersangkut-paut dengan adat istiadat tempatan dan agama.

Pada tahun 1959, Brunei mengisytiharkan kerajaan baru yang berkuasa memerintah kecuali dalam isu hubungan luar, keamanan dan pertahanan dimana isu-isu ini menjadi tanggungjawab British. Percubaan untuk membentuk sebuah badan perundangan pada tahun 1962 terpaksa dilupakan kerana berlaku pemberontakan oleh parti pembangkang iaitu Parti Rakyat Brunei dan dengan bantuan British, pemberontakan ini berjaya dibanteras. Manakala pada akhir 1950 dan awal 1960, kerajaan Brunei ketika itu menolak cadangan (walaupun pada awalnya menunjukkan minat) untuk bergabung dengan Singapura, Sabah, Sarawak dan Tanah Melayu untuk membentuk persekutuan Malaysia dan akhirnya Sultan Brunei ketika itu bercadang untuk membentuk sebuah negara yang merdeka.

Pada tahun 1967, Sultan Haji Omar 'Ali Saifuddien Sa'adul Khairi Waddien telah turun dari takhta dan melantik anakanda sulung baginda, Sultan Haji Hassanal Bolkiah Mu'izzaddin Waddaulah, menjadi Sultan Brunei ke-29. Baginda juga berkenan menjadi Menteri Pertahanan setelah Brunei mencapai kemerdekaan penuh dengan gelaran Paduka Seri Begawan Sultan. Pada tahun 1970, pusat pemerintahan negeri Bandar Brunei atau Brunei Town telah diubah namanya menjadi Bandar Seri Begawan untuk mengenang jasa baginda. Baginda layu pada tahun 1986.

Pada 4 Januari 1979, Brunei dan United Kingdom telah menandatangani Perjanjian Kerjasama dan Persahabatan. Pada 1 Januari 1984, Negara Brunei Darussalam telah berjaya mencapai kemerdekaan sepenuhnya.