Perkataan buaya dalam bahasa Melayu diturunkan dari perkataan leluhur bahasa Melayu-Polinesia buqaya yang bermaksud "buaya" dan juga "tamak".[1] Perkataan yang sama diturunkan kepada pelbagai bahasa yang dituturkan Nusantara dan juga memaksudkan haiwan yang sama.

Nama keluarga Crocodilia berupa "pelatinan" bagi perkataan Yunani κροκόδειλος (crocodeilos), yang memaksudkan makhluk dalam rumpun biawak atau buaya Nil.[2] Crocodylia, seperti yang dicipta oleh Wermuth sempena genus Crocodylus nampaknya datang dari bahasa Yunani kuno[3] κρόκη (kroke) yang bermaksud batu kelikir, dan δρîλος or δρεîλος (dr(e)ilos) yang bermaksud cacing. Nama itu mungkin sempena tabiat buaya yang berjemur di atas tebing kelikir Sungai Nil.[4]