Ancaman utama terhadap buaya sedunia ialah kegiatan manusia, termasuklah memburu dan kemusnahan habitat. Pada awal 1970-an, lebih 2 juta kulit buaya liar dari pelbagai spesies telah diperdagangkan, menyebabkan kemerosotan majoriti populasi buaya, ada kalanya hampir pupus. Mulai 1973, CITES cuba untuk mencegah perdagangan anggota haiwan terancam seperti kulit buaya. Ini terbukti sukar pada 1980-an kerana buaya adalah banyak dan berbahaya kepada manusia di sesetengah kawasan di Afrika, dan oleh itu dihalalkan memburu buaya. Di Sidang Pihak-Pihak di Botswana pada 1983, dihujahkan bagi pihak masyarakat terjejas bahawa menjual kulit buaya yang diburu secara sah adalah munasabah. Pada akhir 1970-an, buaya mula diternak di pelbagai negara, bermula dengan telur yang diambil dari liar. Menjelang 1980-an, kulit buaya ternak dihasilkan secukupnya untuk mematahkan perdagangan haram buaya liar. Dekat tahun 2000, hasil kulit dari 12 spesies buaya, sama ada yang diperoleh secara pemburuan sah ataupun ternakan, diperdagangkan oleh 30 buah negara, maka perdagangan haram hampir lesap.[119]

Buaya gharial telah mengalami kemerosotan jangka panjang kronik disusuli kejatuhan jangka pendek mendadak, maka IUCN menggolongkan spesies ini sebagai terancam genting. Pada 1946, populasi gharial meluas dengan kira-kira 5,000 hingga 10,000 ekor; tetapi dekat 2006, jumlahnya susut sebanyak 96–98%, hanya tinggal 235 ekor individu yang berpecah-belah populasinya. Penurunan jangka panjang ini pelbagai sebabnya, termasuklah mencuri telur dan memburu, misalnya untuk perubatan pribumi. Penurunan mendadak sebanyak 58% antara 1997 dan 2006 disebabkan oleh penggunaan pukat hanyut serta pembasmian habitat sungai.[120] Populasi gharial terus diancam oleh bahaya persekitaran seperti logam berat dan parasit protozoa,[121] tetapi setakat 2013 jumlahnya bertambah disebabkan perlindungan sarang daripada pemangsa telur.[122]

Aligator Cina dahulu meluas di seluruh sistem Sungai Yangtze timur tetapi kini terhad kepada beberapa kawasan di wilayah Anhui tenggara disebabkan fragmentasi dan degradasi habitat. Populasi liar dipercayai wujud hanya di kolam yang terpencar. Pada 1972, spesies ini diisytiharkan spesies terancam Kelas I oleh kerajaan China dan menerima perlindungan undang-undang maksimum.. Sejak 1979, program pembiakan dalam tawanan ditubuhkan di China dan Amerika Utara, menghasilkan populasi tawanan yang sihat.[123] Pada 2008, aligator yang dibesarkan di Zoo Bronx berjaya diperkenalkan semula ke Pulau Chongming.[124]

Buaya Filipina dikatakan buaya yang paling terancam dan dianggap terancam genting oleh  IUCN. Pemburuan dan tabiat perikanan memusnah telah mengurangkan populasinya kepada kira-kira 100 ekor pada 2009. Pada tahun yang sama, 50 buaya tawanan telah dilepaskan ke dalam alam liar untuk menambah populasi. Sokongan orang tempatan penting untuk kelestarian spesies.[125]

Aligator Amerika turut terjejas teruk akibat pemburuan dan kemusnahan habitat sehingga hampir pupus. Pada 1967 ia tergolong dalam spesies terancam, tetapi Perkhidmatan Perikanan dan Hidupan Liar AS serta agensi perhilitan setempat di Amerika Syarikat Selatan telah berusaha untuk memulihkan spesies tersebut. Aligator Amerika berjaya pulih dengan perlindungan, dan pada 1987 ia digugurkan dari senarai spesies terancam.[126] Kebanyakan kajian terhadap pengambilan aligator untuk penternakan telah dijalankan di Rockefeller Wildlife Refuge, sebuah kawasan rawang yang luas di negeri Louisiana. Hasil datanya telah meningkatkan kefahaman mengenai perkandangan, kadar simpanan, pengeraman telur, penetasan, pembelaan dan pemakanan buaya ini, malah maklumat ini digunakan di lain-lain pertubuhan sedunia. Pendapatan dari aligator yang disimpan di Rockefeller Wildlife Refuge menyumbang kepada pemuliharaan tanah rawang tersebut.[127] Kajian yang mengkaji ladang-ladang aligator di AS menunjukkan bahawa semuanya menjana peningkatan pemuliharaan yang ketara, malah kegiatan pemburuan aligator liar haram banyak merosot.[128]