Berlatarkan sebuah kampung di Kelantan, Bunohan menceritakan tentang 3 adik-beradik yang terasing – Adil, Bakar dan Ilham serta bapa mereka yang sakit. Selepas melarikan diri daripada pertarungan maut, Adil ‘Bunga Lalang’ seorang peninju tomoi, terpaksa melarikan diri pula daripada pembunuh upahan bernama Ilham. Kejar mengejar ini telah membawa mereka ke sebuah kampung bernama Bunohan. Apabila mereka bertembung, memori hitam mula menghimpit dan mereka berjumpa seorang guru yang ingin menjadi usahawan yang berjaya.

Kehadiran mereka bertiga di kampung Bunohan telah membangkitkan kembali kisah silam Pok Heng sebagai ayah kepada mereka bertiga. Setiap seorang dari mereka bergelut dengan ketenangan yang tidak tercapai , pengampunan ditenggelami kebencian yang membawa kepada kehilangan jiwa , pengkhianatan yang tidak berkesudahan dan pemBUNOHAN.