Filipina merupakan gugusan pulau yang terdiri daripada sekitar 7,641 buah pulau[67] dengan jumlah keluasan, termasuk jasad air dalaman, sebanyak 343,448 kilometer persegi (132,606 bt2).[3] Garis tepi laut sepanjang 36,289 kilometer (22,549 mi) menjadikan Filipina negara kelima terpanjang garis pantai di dunia.[32][68] Filipina terletak antara longitud 116° 40', dan 126° 34' T dan latitud 4° 40' dan 21° 10' U, bersempadan dengan Laut Filipina[69] di timur, Laut China Selatan[70] di barat, dan Laut Sulawesi[71] di selatan. Pulau Borneo[72] terletak beberapa ratus kilometer di barat daya sementara Taiwan terletak terus di utara. Kepulauan Maluku dan Sulawesi terletak di selatan barat daya sementara Palau terletak di timur Filipina.[32]

Kebanyakan pulau bergunung dilitupi hutan hujan tropika dan berasal dari gunung berapi. Gunung tertinggi ialah Gunung Apo. It measures up to 2,954 meter (9,692 ka) above sea level and is located on the island of Mindanao.[73][74] Kedalaman Galathea di Jurang Filipina adalah titik paling dalam di negara dan ketiga paling dalam di dunia. Jurang tersebut terletak di Laut Filipina.[75]

Sungai terpanjang ialah Sungai Cagayan di Luzon utara.[76] Teluk Manila, di mana letaknya ibu negara Manila, bersambung dengan Laguna de Bay, tasik terbesar di Filipina, melalui Sungai Pasig. Teluk Subic, Teluk Davao, dan Teluk Moro antara teluk-teluk terpenting yang lain. Selat San Juanico memisahkan pulau-pulau Samar dan Leyte tetapi diseberangi oleh Jambatan San Juanico.[77]

Terletak di pinggir barat lingkaran api Pasifik, Filipina banyak mengalami gempa bumi dan letusan gunung berapi. Penara Benham di timur dalam Laut Filipina merupakan kawasan dasar laut yang aktif dengan pembenaman tektonik.[78] Sekitar 20 buah gempa bumi dicatat sehari, tetapi kebanyakannya terlalu lemah untuk dirasai. Gempa bumi besar terakhir ialah gempa bumi Luzon 1990.[79]

Terdapat banyak gunung berapi yang aktif seperti Gunung Mayon, Gunung Pinatubo, dan Gunung Taal. Letusan Gunung Pinatubo pada Jun 1991 menyebabkan letusan tanah terbesar di dunia pada abad ke-20.[80] Bukan semua ciri-ciri geografi utama bersifat pemusnah. Antara tinggalan indah daripada gangguan geografi ialah Sungai Bawah Tanah Puerto Princesa, di mana tempatnya mewakili habitat untuk pemeliharaan biodiversiti, malah juga terdapat ekosistem selengkap gunung hingga laut dan antara hutan-hutan terpenting di Asia.[81]

Disebabkan banyaknya gunung berapi, banyak mendapan mineral di Filipina. Dianggarkan bahawa Filipina mempunyai mendapan emas kedua terbesar di dunia selepas Afrika Selatan, dan salah satu mendapan tembaga terbesar di dunia.[82] Ia juga kaya dengan nikel, kromit dan zink. Sungguhpun demikian, pengurusan lemah, penduduk terlalu padat serta kesedaran alam telah menyebabkan sumber mineral ini kurang dieksploitasi.[82] Tenaga geoterma merupakan hasil aktiviti gunung berapi yang berjaya dimanfaatkan oleh Filipina. Filipina ialah pengeluar geoterma kedua terbesar selepas Amerika Syarikat, dengan 18% keperluan elektrik negara dipenuhi oleh kuasa geoterma.[83]

Biodiversiti

Hutan hujan yang luas dan garis tepi laut yang panjang menjadikan Filipina tempat tinggal bagi pelbagai jenis flora dan fauna.[84] Filipina merupakan antara negara megadiversiti yang paling banyak spesies.[85][86][87] Di Filipina terdapat kira-kira 1,100 spesies vertebrata daratan termasuk lebih 100 spesies mamalia dan lebih 170 spesies unggas yang disangka tidak hidup di mana-mana tempat lain.[88] Antara mamalia tempatan termasuklah musang pulut, dugong, dan kera hantu Filipina.

Biarpun Filipina kekurangan mamalia pemangsa besar-besar, tetapi ada reptilia gergasi seperti ular sawa dan ular tedung di samping buaya katak. Buaya terbesar dalam tawanan yang dikenali dengan jolokan Lolong yang ditangkap di pulau Mindanao.[89][90] Burung kebangsaan iaitu burung helang Filipina mempunyai tubuh yang terpanjang bagi sebarang helang, dengan ukuran dalam 86 hingga 102 cm dengan berat 4.7 hingga 8.0 kg.[91][92] Helang Filipina adalah endemik di hutan hujan Luzon, Samar, Leyte dan Mindanao.

Perairan maritim Filipina luasnya sebanyak 2,200,000 kilometer persegi (849,425 bt2) dan kaya dengan kepelbagaian hidupan, sebahagian penting daripada Segitiga Terumbu Karang.[65] Dianggarkan terdapat sejumlah 500 spesies batu karang dan 2,400 spesies ikan marin.[84][88] Jumlah ini terus meningkat ekoran rekod-rekod baharu[93][94] and species discoveries[95][96][97], mencerminkan keunikan sumber laut di Filipina. Terumbu Karang Tubbataha di Laut Sulu diisytiharkan menjadi Tapak Warisan Dunia pada 1993. Perairan Filipina juga menampung pembiakan mutiara, ketam dan rumpai laut.[84][98]

Dengan kira-kira 13,500 spesies di dalam negara, 3,200 daripada unik,[88] hutan hujan Flora bermegah dengan pelbagai flora, termasuklah banyak jenis bunga anggerik dan pakma yang jarang ditemui.[99][100] Pembasmian hutan yang selalunya diakibatkan oleh pembalakan haram merupakan masalah yang meruncing di Filipina. Liputan hutan menurun dari 70% jumlah keluasan tanah Filipina pada 1900 kepada sekitar 18.3% pada 1999.[101] Banyaklah spesies yang terancam malah para saintis berkata bahawa Asia Tenggara yang dianggotai oleh Filipina itu menghadapi kadar kepupusan sedahsyat 20% menjelang akhir abad ke-21.[102] Menurut Conservation International, "negara [Filipina] merupakan antara segelintir bangsa yang menjadi negara titik panas dan megadiversiti sekali gus, oleh itu ia menjadi antara titik panas yang paling diutamakan bagi usaha pemuliharaan global."[99]