Sejarah Filipina dipercayai bermula dengan kedatangan manusia pertama[14][15][16] menggunakan rakit atau bot sekurang-kurangnya 67,000 tahun yang lalu seperti yang dicadangkan oleh penemuan Callao Man 2007.[17] Kepulauan itu mula-mula didiami oleh Negrito, disusuli oleh penghijrahan masuk orang-orang Austronesia.

Para sarjana umumnya percaya bahawa kumpulan-kumpulan sosial ini akhirnya berkembang menjadi pelbagai penempatan atau tatanegara yang pelbagai peringkat pengkhususan ekonomi, stratifikasi sosial, dan organisasi politik.[18] Sesetengah penempatan ini (kebanyakannya terletak di delta sungai utama) mencapai tahap kemajuan sosial yang dirasai cukup oleh sesetengah sarjana untuk digelar negeri.[19] Ini termasuk pendahulu bagi pusat-pusat kependudukan moden seperti Maynila, Tondo, Pangasinan, Cebu, Panay, Bohol, Butuan, Cotabato, Lanao, dan Sulu[20] serta beberapa lagi negeri seperti Ma-i yang masih belum ditentukan kedudukannya.[21]

Setiap politi ini masing-masing memperlihatkan kesan pengaruh dari India dari segi agama, bahasa, budaya, sastera dan falsafah melalui pelbagai kempen dari India termasuk kempen Asia Tenggara Rajendra Chola I,[22] dari Arab dengan kewujudan agama Islam, ataupun dari China sebagai negeri-negeri ufti kecinaan. Negeri-negeri maritim kecil ini berkembang sejak alaf pertama.[23][24] Kerajaan-kerajaan ini banyak berdagang dengan negara-negara yang kini dikenali sebagai China, India, Jepun, Thailand, Vietnam, dan Indonesia.[25] Baki penempatan yang lain merupakan wilayah "barangay" bebas yang bersekutu dengan mana-mana negeri besar.

Kali pertama tercatatnya kunjungan orang Eropah ialah kedatangan Ferdinand Magellan. Beliau terlihat Pulau Samar pada 16 Mac 1521, dan keesokan harinya mendarat di Pulau Homonhon, kini dalam wilayah Guiuan, Samar Timur.[26] Penjajahan Sepanyol bermula dengan kedatangan ekspedisi Miguel López de Legazpi dari Mexico pada 13 Februari 1565. Beliau mendirikan penempatan tetap pertama di Cebu.[27] Sebahagian besar kepulauan itu tertakluk kepada pemerintahan Sepanyol, lalu membentuk struktur politik bersatu terawal yang dikenali sebagai Filipina. Pemerintahan penjajah Sepanyol menyaksikan kemasukan agama Kristian, kanun undang-undang serta universiti moden tertua di Asia. Filipina diperintah di bawah Kewizuraian Sepanyol Baru yang bertapak di Mexico sehingga kemerdekaan Mexico. Selepas itu, jajahan diperintah secara langsung oleh Sepanyol.

Pemerintahan Sepanyol berakhir pada tahun 1898 dengan kekalahan Sepanyol dalam perang dengan Amerika Syarikat. Kemudian Filipina dijadikan wilayah Amerika Syarikat. Pada masa yang sama, sebuah Revolusi Filipina yang dilancarkan pada tahun 1896 untuk melawan Sepanyol lalu menubuhkan Republik Filipina Pertama, negara merdeka pertama yang tidak bertahan lama dan akhirnya dipatahkan oleh AS melalui Perang Filipina–Amerika.

Amerika Syarikat menubuhkan Kerajaan Kepulauan (Insular Government) untuk Filipina. Pada 1907, ditubuhkan Dewan Undangan Filipina menerusi pilihan raya. AS menjanjikan kemerdekaan bagi Filipina seperti yang termaktub dalam Akta Jones.[28] Komanwel Filipina ditubuhkan pada 1935 sebagai langkah perantaraan 10 tahun sebelum kemerdekaan penuh. Akan tetapi pada 1942 sewaktu Perang Dunia Kedua, Jepun menduduki Filipina sehingga diusir oleh AS pada 1945. Perjanjian Manila 1946 berjaya menubuhkan sebuah republik Filipina yang merdeka.

Pada 1972, Presiden Filipina Ferdinand Marcos mengenakan pemerintahan ketenteraan. Ekoran pembunuhan Ninoy Aquino, Marcos mengadakan pilihan raya mengejut pada tahun 1986 dan kemudian meninggalkan negara sewaktu Revolusi Kuasa Rakyat yang melantik Cory Aquino sebagai presiden dan memulihkan demokrasi.