Fragmentasi habitar ialah proses perubahan persekitaran yang penting dalam ilmu evolusi dan biologi pemuliharaan, mentakrifkan kewujudan ketidaksinambungan (fragmentasi) di dalam persekitaran utama sesuatu hidupan (habitat). Fragmentasi habitat boleh disebabkan oleh proses-proses geologi yang beransur-ansur mengubah susun atur persekitaran fizikal, atau kegiatan manusia seperti pindah guna tanah, yang boleh mengubah persekitaran dengan lebih cepat. Proses biologi dipercayai menjadi salah satu punca utama penspesiesan, sementara kegiatan manusia pula mengakibatkan kepupusan spesies.Fragmentasi habitat sering berpunca dari manusia apabila tumbuh-tumbuhan asli ditebang untuk memberi laluan kepada kegiatan manusia seperti pertanian, pembangunan kampung atau pembandaran. Habitat-habitat yang pernah bersinambungan, kini berpecah menjadi beberapa bahagian. Setelah menjalankan pembersihan tanah secara berleluasa, bahagian-bahagian yang berasingan itu bagaikan pulau-pulau kecil dipencilkan dari satu sama lain oleh ladang tanaman, padang rumput, turapan, ataupun tanah terbiar yang berpunca daripada pertanian secara tebas dan bakar di hutan tropika. Di kawasan tanaman gandum di bahagian tengah barat negeri New South Wales, Australia, 90% tumbuh-tumbuhan asli telah dibersihkan, sementara lebih 99% daripada prairie rumput tinggi di Amerika Utara turut dibersihkan, maka mengakibatkan fragmentasi habitat yang melampau.Istilah fragmentasi habitat merangkumi lima fenomena berasingan: