Genin (下忍;, Ninja Rendah) adalah peringkat paling rendah di dalam pangkat rasmi ninja. Mereka menunjukkan penguasaan yang berbeza di dalam semua aspek terutamanya kemahiran dan skil ninja. Apabila mereka menjadi Genin, mereka akan diarahkan untuk melakukan misi-misi yang diupah oleh sesuatu organisasi atau pihak individu agar dapat membantu dalam meningkatkan tahap ekonomi kampung mereka. Selalunya mereka akan dihantar untuk melakukan misi-misi bertahap Tahap-D yang mana ianya tidak mengakibatkan soal keselamatan ninja-ninja Genin tersebut. Di antara misi-misi yang dilakukan adalah seperti melakukan kerja-kerja buruh kasar, menyelamatkan kucing milik isteri seorang Daimyo, membersihkan sungai daripada sampah-sarap dan kebarangkalian yang rendah mungkin berlaku untuk mereka terlibat dalam misi-misi bertahap Tahap-C yang mana ianya sudah boleh dianggap sebagai tugasan "ninja" sebenar. Apabila Konohagakure diserang oleh Otogakure dan Sunagakure, mereka telah kekurangan ninja-ninja kelas atasan dan terpaksa menghantar ninja-ninja Genin untuk melakukan misi-misi bertahap tinggi yang telah diupahkan kepada mereka.
Genin disatukan ke dalam pasukan berempat di mana tiga daripadanya adalah ninja Genin dan diketuai oleh seorang ninja Jonin sebagai kapten untuk mempermudahkan mereka mempelajari keperluan asas kumpulan seperti kerjasama dan pengalaman dalam kerja-kerja yang dilakukan oleh ninja. Selain itu, ninja Jonin ini juga merupakan ninja yang hebat dan berfungsi untuk memantau dan melindungi ninja-ninja Genin ini. Pembentukkan dan pembahagian kumpulan berempat ini adalah berasaskan kepada skil individu Genin itu sendiri agar keseimbangan dapat dicapai. Sebagai contoh, Uzumaki Naruto yang lulus dari Akademi Ninja dengan gred terendah disatukan dengan Uchiha Sasuke dan Haruno Sakura; yang masing-masing merupakan pelatih yang tamat dari Akademi Ninja dengan keputusan terbaik dan keputusan kertas peperiksaan terbaik. Selalunya, kumpulan tersebut akan dibentuk daripada dua pelatih lelaki dan seorang pelatih perempuan dan kadang kala ada juga pengecualian mengenai kuota pemilihan anggota dalam kumpulan berempat tersebut.
Oleh kerana fakta Genin berada di kedudukan terendah dalam hierarki pangkat rasmi ninja (pelatih akademi masih belum boleh dianggap ninja sehinggalah mereka tamat latihan di Akademi Ninja),mereka hanya digunakan dengan terhad ketika misi berbahaya (misi Tahap-B dan ke atas) dan hanya mampu menyelesaikan misi Tahap-D dan Tahap-E sahaja. Bagaimana pun, harus diambil perhatian bahawa Genin hanyalah sekadar pangkat yang diberi melalui kelayakkan dalam sesuatu ujian dan peperiksaan ninja dan kadangkala tidak begitu tepat dalam menilai keupayaan seseorang ninja. Sebagai contoh, Uzumaki Naruto masih merupakan ninja bertaraf Genin, namun dia mampu untuk bersaing dengan ninja-ninja dari Kelas-S dari organisasi jenayah dunia Akatsuki.