Sepanjang ia bersiaran, Gerak Khas turut berdepan dengan beberapa kontroversi dan skandal yang melibatkan pelakon-pelakonnya. Dua pelakon utamanya, Norman Hakim dan Abby Abadi memfailkan perceraian pada awal 2009 gara-gara Norman yang ditangkap berkhalwat dengan pelakon, Memey Suhaiza.[17][18] Seorang lagi pelakonnya, Farid Amirul yang didakwa atas kesalahan mencuri buku di kedai buku MPH Bookstores di Mid Valley Megamall, Bangsar, Kuala Lumpur, buku tersebut yang dicurinya ialah Decoding The Heaven dan The Sistine Secrets. Akibatnya, Farid telah dipenjarakan selama setahun dan beliau juga dilarang berkunjung ke mana-mana kedai buku MPH yang lain.[19][20][21]