Kawasan yang kini dipanggil Guinea merupakan sebahagian daripada sebuah siri empayar yang bermula dengan "Empayar Ghana" pada sekitar tahun 900 Masihi. Ini disusuli oleh kemaharajaan Sosso pada abad ke-12 dan ke-13. Empayar Mali bangkit untuk berkuasa di kawasan ini selepas Pertempuran Kirina pada tahun 1235, dan menjadi makmur sehingga dilemahkan oleh masalah-masalah dalaman. Akhirnya, negeri-negerinya merampas kuasa pada abad ke-15. Salah sebuah negerinya yang utama, Songhai, kemudian menjadi Empayar Songhai, dan mengatasi pendahulu-pendahulunya dari segi kawasan dan kekayaan, tetapi ia juga menjadi mangsa kepada pertengkaran dalaman dan perang saudara, dan akhirnya digulingkan dalam Pertempuran Tondibi pada tahun 1591.

Kemudian, kawasan Guinea berpecah-belah sehingga sebuah negara Islam yang diasaskan pada abad ke-18 membawa sedikit kestabilan kepada kawasan ini. Lagi satu peristiwa yang penting ialah ketibaan orang-orang Muslim Fulani di kawasan tanah tinggi Fuuta Jalloo pada awal abad ke-18.

Orang-orang Eropah yang pertama datang ke kawasan ini pada zaman Penemuan-penemuan Portugis yang memulakan perdagangan abdi sejak dari abad ke-15. Guinea masa kini dicipta sebagai sebuah tanah jajahan oleh Perancis pada tahun 1890, dengan Noël Balley sebagai gabenor pertama dan Pulau Tombo sebagai ibu negaranya. Pada tahun 1895, negara ini digabungkan ke dalam Afrika Barat Perancis.

Pada 28 September 1958, di bawah arahan Charles de Gaulle, Perancis mengadakan sebuah pungutan suara tentang perlembagaan baru serta penubuhan Republik Kelima. Semua tanah jajahan (Algeria secara rasminya merupakan sebahagian Perancis dan bukannya sebuah tanah jajahan) diberikan pilihan antara kemerdekaan segera atau perlembagaan baru. Semua tanah jajahan kecuali Guinea mengundi untuk memilih perlembagaan baru. Oleh itu, Guinea menjadi tanah jajahan Afrika Perancis yang pertama untuk mencapai kemerdekaan pada kos kehilangan semua bantuan Perancis dengan serta-merta.

Selepas kemerdekaan, Guinea diperintah oleh diktator Ahmed Sékou Touré. Touré pada umumnya mengejar dasar-dasar ekonomi sosialisme dan menumpaskan tentangan-tentangan serta kebebasan bercakap, tanpa banyak mengambil berat tentang hak asasi manusia. Selepas kematiannya pada tahun 1984, Lansana Conté mengambil alih kuasa dan dengan segara, mengubah dasar-dasar ekonomi tetapi mengekalkan cengkaman kuasa yang ketat. Pilihan raya pertama diadakan pada tahun 1993, tetapi keputusannya serta keputusan pilihan-pilihan raya yang berikut dipertikaikan. Conté sering dikritik untuk keadaan ekonomi negara serta pendekatannya yang menindas terhadap penentang-penentang politiknya.

Menjelang tahun 2005, Guinea masih menghadapi banyak masalah, dan menurut Kumpulan Krisis Antarabangsa, Guinea mungkin akan menjadi sebuah negara gagal. Pada tahun 2006, dua mogok dimulakan oleh pekerja-pekerja bandar raya, tetapi kedua-duanya diselesaikan dengan pantas melalui pemberian gaji yang lebih lumayan. 10 orang pelajar dibunuh untuk mematahkan sebuah tunjuk perasaan dan mengakhiri pemberontakan kecil itu. Bagaimanpun, menjelang permulaan tahun 2007, persatuan-persatuan sekerja menyeru mogok-mogok baru untuk menentang kos sara hidup yang semakin meningkat, rasuah kerajaan, serta salah urusan ekonomi. Selepas lebih kurang dua minggu, mogok-mogok itu mengakibatkan sesetengah tunjuk perasaan yang terbesar dalam tempoh pemerintahan Conte.