Jabatan Pendaftaran Pertubuhan Malaysia (Tulisan Jawi: جابتن ڤندفترن ڤرتوبوهن مليسيا) adalah sebuah jabatan di bawah Kementerian Dalam Negeri yang mengendalikan pertubuhan-pertubuhan bukan kerajaan dan parti politik. Di bawah Seksyen 2, Akta Pertubuhan 1966, sesebuah pertubuhan ditakrifkan sebagai mana-mana kelab, perkongsian atau persatuan yang mengandungi tujuh orang atau lebih, tidak kira apa jua jenis atau tujuannya, sama ada sementara atau kekal tetapi tidak termasuk badan-badan yang perlu didaftarkan di bawah mana-mana undang-undang bertulis seperti syarikat, koperasi, kesatuan sekerja, persatuan ibu bapa dan guru, badan-badan sukan dan lain-lain.Pada 2009, Pendaftar Pertubuhan ialah Datuk Md Alias Kalil. Terdapat 115,537 pertubuhan berdaftar di Malaysia iaitu 45,802 pertubuhan induk dan 69,735 pertubuhan yang mempunyai cawangan. Kesedaran masyarakat untuk berpersatuan semakin meningkat. Kualiti pertubuhan juga menunjukkan peningkatan iaitu bukan lagi pertubuhan yang bersifat tradisional dan konvensional.[1]