Sejak zaman Meiji (1868-1912), Jepun mengamalkan sistem ekonomi pasaran bebas dan kapitalis yang berasaskan ekonomi England dan Amerika Syarikat. Sistem pendidikan Barat diterapkan di Jepun, dan terdapat ribuan rakyat Jepun yang melanjutkan pelajaran ke Amerika Syarikat dan Eropah. Lebih daripada 3,000 orang Eropah dan Amerika dibawa masuk sebagai tenaga pengajar di Jepun.[67] Pada awal zaman Meiji, pihak kerajaan menyediakan landasan kereta api dan jalan raya, serta memulakan pembaharuan dasar pemilikan tanah, di samping mendirikan kilang dan pelabuhan untuk dijual kepada pemilik swasta dengan harga yang murah. Sesetengah golongan usahawan yang lahir pada zaman Meiji berkembang menjadi zaibatsu, dan ada di kalangannya yang masih berniaga sehingga masa kini.[67]

Pertumbuhan ekonomi benar dari 1960-an hingga 1980-an bergelar "keajaiban ekonomi Jepun", iaitu purata 10% pada tahun 1960-an, 5% pada tahun 1970-an, dan 4% pada tahun 1980-an.[67] Dekad 1980-an merupakan zaman keemasan eksport barangan automotif dan barang elektronik ke Eropah dan Amerika Syarikat sehingga terjadi lebihan imbangan perdagangan yang mengakibatkan konflik perdagangan. Setelah ditandatanganinya Perjanjian Plaza 1985, dolar AS mengalami penyusutan nilai berbanding yen. Pada Februari 1987, kadar diskaun rasmi diturunkan hingga 2.5% agar hasil perkilangan Jepun kembali berdaya saing setelah terjadinya kemerosotan jumlah eksport akibat pengukuhan nilai yen. Akibatnya, terjadi surplus kecairan dan penciptaan wang berlebihan. Spekulasi menyebabkan harga saham dan harta tanah terus meningkat, sehingga menimbulkan gelembung harga aset. Harga tanah menjadi begitu tinggi akibat wujudnya ramai yang menyangka bahawa harga tanah tidak akan jatuh.[36] Ekonomi gelembung Jepun jatuh pada awal tahun 1990-an berikutan pengetatan dasar kewangan oleh Bank Jepun pada tahun 1989, serta kenaikan kadar diskaun rasmi menjadi 6%.[36] Pada tahun 1990, pihak kerajaan mengeluarkan sistem cukai pembelian tanah baru, dan pihak bank diminta untuk mengehadkan pembiayaan aset harta. Indeks Purata Nikkei dan harga tanah menyusut pada Disember 1989 dan musim luruh 1990.[36] Pertumbuhan ekonomi terbantut pada 1990-an, sehingga hanya mencapai angka purata pertumbuhan ekonomi sebanyak 1.7% akibat pelaburan modal yang tidak cekap di samping fenomena gelembung harga aset pada 1980-an. Institusi kewangan menanggung masalah pinjaman kerana telah mengeluarkan pinjaman wang dengan jaminan tanah atau saham. Usaha kerajaan mengembalikan pertumbuhan ekonomi hanya sedikit berhasil, kemudian terhambat oleh kelesuan ekonomi global pada tahun 2000.[68]

Jepun merupakan ekonomi negara ketiga terbesar di dunia mengekori Amerika Syarikat dan China, dari segi KDNK nominal (sekitar US$5 trilion) mahupun pariti kuasa beli.[69][70] Kegiatan industri terbesar Jepun terletak dalam sektor perbankan, insurans, hartanah, peruncitan, pengangkutan, telekomunikasi, dan pembinaan.[71] Jepun memiliki industri berteknologi tinggi dalam bidang automotif, elektronik, permesinan, keluli dan logam bukan besi, perkapalan, kimia, tekstil, dan pemprosesan makanan.[68] Sebesar tiga perempat daripada produk domestik bruto Jepun berasal daripada sektor jasa.

Sehingga tahun 2001, jumlah tenaga kerja Jepun mencapai 67 juta orang.[72] Kadar pengangguran di Jepun sekitar 4%. Pada tahun 2007, Jepun menjadi negara ke-19 yang paling produktif tenaga kerjanya.[73] Menurut Indeks Big Mac, tenaga kerja di Jepun menikmati kadar gaji sejam yang tertinggi di dunia. Toyota Motor, Mitsubishi UFJ Financial, Nintendo, NTT DoCoMo, Nippon Telegraph & Telephone, Canon, Matsushita Electric Industrial, Honda, Mitsubishi Corporation, dan Sumitomo Mitsui Financial merupakan sepuluh syarikat Jepun terbesar pada tahun 2008.[74] Sejumlah 326 syarikat Jepun tersenarai dalam Forbes Global 2000 atau 16.3% daripada 2,000 syarikat awam terbesar di dunia (mengikut data tahun 2006).[75] Bursa Saham Tokyo memiliki jumlah permodalan pasaran kedua terbesar di dunia. Indeks daripada 225 saham syarikat besar yang diperdagangkan di Bursa Saham Tokyo dipanggil Nikkei 225.[76]

Dalam Indeks Kemudahan Berniaga, Jepun menduduki tangga ke-12, oleh itu menjadi salah sebuah negara maju dengan birokrasi paling sederhana. Kapitalisme ala Jepun menampakkan beberapa ciri-ciri istimewa. Keiretsu ialah sekelompok perusahaan yang dianggotai oleh syarikat-syarikat yang saling menjalin kerjasama perniagaan dan pemilikan saham. Rundingan gaji (shuntō) serta pembaikan keadaan tempat kerja antara pihak pengurusan dan kesatuan sekerka dilakukan setiap awal musim semi. Budaya perniagaan Jepun mengamalkan konsep-konsep tempatan, seperti Sistem Nenkō, nemawashi, salaryman, dan office lady. Perusahaan di Jepun mengamalkan kenaikan pangkat berdasarkan kekananan dan jaminan pekerjaan seumur hidup.[77][78] Kejatuhan ekonomi gelembung disusuli kemuflisan dan pembuangan kerja besar-besaran menyebabkan amalan jaminan pekerjaan seumur hidup semakin diabaikan.[79][80] Perusahaan Jepun dikenali kerana kaedah pengurusan seperti The Toyota Way. Aktivisme pemegang saham amat jarang kelihatan.[81] Dalam Indeks Kebebasan Ekonomi, Jepun merupakan negara kelima paling besar laissez-faire di kalangan 41 negara Asia Pasifik.[82]

Jumlah eksport Jepun pada tahun 2005 ialah AS$4,210 per kapita. Pasaran eksport terbesar Jepun tahun 2006 ialah Amerika Syarikat 22,8%, Kesatuan Eropah 14,5%, China 14,3%, Korea Selatan 7,8%, Taiwan 6,8%, dan Hong Kong 5,6%. Keluaran eksport utama Jepun termasuk alat pengangkutan, kenderaan bermotor, elektronik, mesin-mesin elektrik, dan bahan kimia.[68] Negara sumber import terbesar bagi Jepun pada tahun 2006 ialah China 20,5%, AS 12,0%, Kesatuan Eropah 10,3%, Arab Saudi 6,4%, Emiriah Arab Bersatu 5,5%, Australia 4,8%, Korea Selatan 4,7%, dan Indonesia 4,2%. Import utama Jepun merupakan jentera dan peralatan, minyak, bahan makanan, tekstil, dan bahan mentah untuk perindustrian.[68]

Jepun ialah negara pengimport hasil laut terbesar di dunia (bernilai AS$ 14 juta).[83] Jepun berada di tangga ke-6 selepas China, Peru, Amerika Syarikat, Indonesia, dan Chile, dengan jumlah hasil tangkapan ikan yang merosot sejak tahun 1996.[84][85]

Pertanian merupakan sektor ekonomi utama Jepun hingga beberapa tahun selepas Perang Dunia Kedua. Menurut kaji selidik bancian tahun 1950, lebih kurang 50% tenaga kerja berada di bidang pertanian. Sepanjang "zaman keajaiban ekonomi Jepun", peratusan tenaga kerja dalam bidang pertanian terus merosot hingga kira-kira 4.1% pada tahun 2008.[86] Pada Februari 2007 terdapat 1,813,000 keluarga pertanian komersil, namun di antaranya hanya kurang daripada 21.2% atau 387,000 keluarga merupakan usahawan pertanian.[87] Sebahagian besar tenaga kerja pertanian sudah lanjut usia, sementara bilangan tenaga kerja berusia muda dalam bidang pertanian agak berkurangan.[88][89]