Kejuruteraan biokimia adalah satu cabang kejuruteraan kimia atau kejuruteraan biologi yang terutamanya berkaitan dengan reka bentuk dan pembinaan unit proses yang melibatkan organisma biologi atau molekul, seperti bioreaktor. Kejuruteraan biokimia sering diajar sebagai pilihan tambahan kepada kejuruteraan kimia atau kejuruteraan biologi yang disebabkan oleh persamaan dalam kedua-dua kurikulum subjek latar belakang dan menyelesaikan masalah teknik yang digunakan oleh kedua-dua profesion. Aplikasinya digunakan dalam makanan, makanan, farmaseutikal, bioteknologi, dan rawatan air.industri.