Berdasarkan kepada sejarah silam, terdapat sebuah kawasan perkampungan yang banyak ditumbuhi dengan kayu manis iaitu sejenis rempah untuk memasak. Dalam bahasa masyarakat tempatan di kawasan tersebut, mereka memanggilnya sebagai kayu kondingau.[2] Ketibaan orang Inggeris di kawasan tersebut menjadikan kulit kayu keningau menjadi salah satu bahan eksport mereka. Secara tidak langsung kawasan pedalaman menjadi pengeluar kulit kayu Keningau yang penting pada ketika itu. Akhirnya, kawasan tersebut dipanggil keningau dan daripada sebuah perkampungan seterusnya membangun menjadi sebuah bandar yang tidak ketinggalan dengan kemajuan dan menjadi pusat pentadbiran di kawasan pedalaman Sabah.

Zaman Kesultanan Brunei

Walaupun Sabah dikuasai oleh Kesultanan Brunei sebelum abad ke-6 lagi, namun pengaruh kesultanan itu tidak dirasai oleh kaum pribumi yang tinggal di daerah Keningau.[perlu rujukan]

Zaman pemerintahan British

Tahun 1888 adalah tahun keramat Sabah menjadi negeri naungan British yang mana telah menjalani sistem pemerintahan secara hierarki. Kampung Nuntunan yang terletak di Apin-Apin merupakan dahulunya sebuah pusat pentadbiran British bagi mentadbir kawasan tersebut termasuklah mengawal ekonomi eksport kayu manis yang banyak tumbuh di kawasan ini. Berikut adalah nama Residen yang mentadbir Keningau semasa zaman pemerintahan British:

Sistem ini dihapuskan pada tahun 1979.

Zaman pemerintahan Jepun

Kebangkitan Jepun sebagai satu kuasa yang kuat pada masa itu dengan slogan "Kesemakmuran Bersama Asia Timur Raya" dan "Asia Untuk Asia" telah mara ke Sabah bermula dari Labuan pada 1 Januari 1942 hingga menawan Sabah tanpa ada tentangan dari pihak British, ini disebabkan Gabenor British di Sandakan tidak sempat mengirimkan bantuan disebabkan sekatan terhadap jalan darat dan laut. Jepun berminat untuk membuat Rancangan membuka pusat migrasi ke Keningau tetapi rancangan itu hanya tinggal rancangan kerana ianya tidak mendapat kelulusan dari pihak British di keningau. Kekalahan pihak British di sabah amnya dan di Keningau khususnya menyebabkan tentera Jepun telah mengambil alih sistem pemerintahan di Kg Nuntunan Apin-apin. Zaman inilah kerahan tenaga dilakukan oleh tentera jepun kepada penduduk keningau bagi melaksanakan jalan raya Apin-Apin yang terlurus dan terpanjang di Sabah. Sabah di kuasai semula oleh British setelah berjaya mengusir tentera Jepun. Kehidupan di bawah kuasa tentera Jepun tidak membawa apa-apa kemajuan dan pembangunan.