Selain menjadi ibu kota, Kota Kinabalu juga merupakan pusat utama perindustrian dan komersil bagi Sabah. Ekonomi dikuasai oleh sektor industri utama seperti pertanian, perikanan, perhutanan, dan minyak dan gas. Dari segi sejarah, sektor sekunder menguasai ekonomi, tetapi kerana pembandaran yang pesat dan pembangunan ekonomi, sektor sekunder ini kemudian perlahan-lahan berkurangan. Lebih-lebih lagi baru-baru ini, satu langkah ke arah yang lebih kepada industri berasaskan sektor perkhidmatan telah dijalankan.[6] Syarikat dalam negeri, luar negara dan bank perdagangan antarabangsa, serta beberapa syarikat insurans dan syarikat lain mempunyai ibu pejabat atau cawangan mereka di sini.

Orang Cina perantauan juga banyak menyumbang kepada pembangunan KK sejak penghijrahan mereka lewat abad ke-19.[65] Peranan asal mereka ialah sebagai 'kuli' (kerja perhambaan) dan kini ramai yang menjadi pemilik kedai.[65]

Beberapa industri dan syarikat pembuatan juga mempunyai kilang mereka di sini terutamanya di daerah-daerah perindustrian seperti Likas, Kolombong, dan Inanam. Pembinaan berterusan daripada 8,320-ekar (33.7 km2) Taman Perindustrian Kota Kinabalu (KKIP) di Sepanggar juga bertujuan untuk meningkatkan aktiviti perindustrian dan komersil di bandar dan menjadikannya sebuah pusat pertumbuhan utama di Malaysia Timur, sebagaimana juga matlamat bagi rantau BIMP-EAGA (Kawasan Pertumbuhan ASEAN Timur Brunei-Indonesia-Malaysia-Filipina).[66] Kota Kinabalu juga menjadi tuan rumah kepada pelbagai aktiviti nasional, serantau dan juga persidangan antarabangsa atau ekspo perdagangan pada setiap tahun antaranya termasuk Ekspo Antarabangsa DwiTahunan Sabah, Persidangan ePelancongan Asia Pasifik oleh Persidangan Perdagangan dan Pembangunan Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu (UNCTAD), Kongres Kejuruteraan Australia ASEAN, serta lain-lain lagi. Aktiviti seperti ini biasanya diadakan di resort Sutera Harbour.