Darat

Lebuhraya bandar.

Jalan pedalaman yang menghubungkan bahagian bandar yang berlainan umumnya dikenali sebagai jalan negeri. Rangkaian jalan ini dibina dan diselenggara oleh jabatan Kerja Raya Malaysia.[67] Kebanyakan jalan pedalaman utama adalah jalan raya kembar. Salah satu jalan utama di sini ialah Jalan Lintas-Jalan Tuaran Bypass, yang berfungsi sebagai jalan lingkaran, mengelilingi bandar dan menghubungkan daerah dan kawasan pinggir bandar di sekitar seperti Putatan, Penampang, Luyang, Likas, Inanam, Menggatal, Sepanggar, dan Tuaran. Kota Kinabalu dihubungkan oleh lebuh raya dengan bandar-bandar yang jauh di sekitar Sabah terutamanya melalui jalan persekutuan yang diselenggara oleh Jabatan Kerja Raya. Laluan lebuh raya dari bandar ini termasuk:[68]

• Kota Kinabalu – Tuaran – Tamparuli – Kota Belud – Kota Marudu – Pitas – Kudat
• Kota Kinabalu – Penampang – (Putatan – Lok Kawi) – Papar – Beaufort – Sindumin (sebahagian daripada Lebuhraya Pan Borneo)
• Kota Kinabalu – Penampang – Tambunan – Keningau – Tenom – Nabawan (sebahagian daripada Lebuhraya Pan Borneo)
• Kota Kinabalu – Tuaran – Tamparuli – Kundasang – Ranau – Telupid – Sandakan (sebahagian daripada Lebuhraya Pan Borneo)

Pengangkutan Awam

Terminal bas di Inanam.

Perkhidmatan bas kerap beroperasi di sekitar bandar. Bas kecil atau van juga digunakan selain bas sebagai pengangkutan awam alternatif.[69] Terdapat dua terminal bas utama di kawasan perniagaan pusat. Terminal sepanjang Jalan Tun Razak menyediakan perkhidmatan bas pedalaman ke pelbagai bandar dan kawasan pinggir. Satu lagi terminal berhampiran Bandaran Berjaya menyediakan perkhidmatan ke arah destinasi di selatan bandar seperti (Papar, Tenom, Beaufort, dan lain-lain). Terminal Bas Utara Kota Kinabalu di Inanam menyediakan perkhidmatan bas di antara bandar yang terdapat pada laluan menuju ke arah destinasi utara dan utara-timur Kota Kinabalu seperti (Tuaran, Kudat, Ranau, Sandakan, Tawau, Semporna, dan lain-lain). Perkhidmatan teksi juga boleh ditemui di sekitar bandar.[69]

Papan tanda stesen keretapi Tanjung Aru.

Satu sistem keretapi yang dahulunya dikenali sebagai Kereta Api Borneo Utara telah ditubuhkan pada tahun 1896 oleh Syarikat Borneo Utara British.[16][70] Ia telah dibina dengan tujuan utama mengangkut komoditi dari kawasan pedalaman ke pelabuhan di bandar Kota Kinabalu semasa penjajahan British dahulu.[16] Laluan keretapi menghubungkan bandar ini dengan Tenom dan beberapa bandar-bandar lain; ia juga merupakan satu-satunya sistem keretapi yang terdapat di Malaysia Timur.[16][70] Pada hari ini, sistem keretapi tersebut dikenali sebagai Keretapi Negeri Sabah dan ia menyediakan perkhidmatan harian bagi penumpang, pelancong, serta pengangkutan kargo.[16] Sebuah syarikat berasingan yang beroperasi sebagai pengangkutan rekreasi pelancongan juga dipanggil Kereta Api Borneo Utara. Stesen keretapi dan perhentian utama terletak di Tanjung Aru.[16]

Udara

Lapangan Terbang Antarabangsa Kota Kinabalu (KKIA) ​​(Kod ICAO: WBKK) menyediakan penerbangan yang menghubungkan Kota Kinabalu dengan destinasi domestik dan antarabangsa yang lain. Ia merupakan hab kedua bagi Penerbangan Malaysia dan AirAsia dan terdiri daripada dua terminal. KKIA merupakan lapangan terbang kedua paling sibuk di Malaysia selepas Lapangan Terbang Antarabangsa Kuala Lumpur dan merupakan salah satu pintu masuk utama ke Sabah dan Malaysia Timur.[71]

Beberapa destinasi penerbangan dari lapangan terbang ini termasuk: Bandar Seri Begawan, Shenzhen, Seoul, Shanghai, Guangzhou, Hong Kong, Macau, Kuala Lumpur, Cebu, Singapura, Taipei, Kaohsiung, dan bandar-bandar lain, sama ada di dalam atau di luar Malaysia. Selain itu KKIA juga merupakan hab kedua bagi MASwings, yang menyajikan penerbangan ke bandar-bandar kecil dan kawasan luar bandar di Malaysia Timur.

Lapangan Terbang Antarabangsa Kota Kinabalu dilihat dari luar.

Laut

Terminal Feri Kota Kinabalu menyediakan perkhidmatan harian ke Pulau Manukan, serta pulau-pulau lain. Dari kiri adalah Pulau Sulug, dan di sebelah kanan adalah Pulau Mamutik dan Pulau Manukan (yang lebih besar).

Kota Kinabalu mempunyai dua pelabuhan iaitu: Pelabuhan Kota Kinabalu dan Pelabuhan Kontena Teluk Sepanggar (SBCP). Pelabuhan Kota Kinabalu berfungsi sebagai pelabuhan kargo, manakala SBCP beroperasi sebagai pangkalan tentera laut bagi Tentera Laut Diraja Malaysia, depot minyak dan juga semua kargo kontena.[72] Pada tahun 2004, Pelabuhan Kota Kinabalu mengendalikan kira-kira 3.6 juta tan metrik kargo, ketiga tertinggi di negeri ini selepas Pelabuhan Sandakan dan Pelabuhan Tawau.[30] Ia bagaimanapun mengendalikan bilangan yang paling utama sebagai pelabuhan kontena di negeri ini, dengan 153,793 kontena dikendalikan pada tahun 2006. Semua pelabuhan di Sabah diuruskan dan dikendalikan oleh Sabah Ports Sdn Bhd.[73]

Perkhidmatan Feri Kota Kinabalu adalah terminal penumpang feri yang terletak di Jesselton Point berhampiran pelabuhan KK.[74] Ia menyediakan perkhidmatan feri dan perahu bermotor ke pulau-pulau berdekatan untuk pelancong serta bagi penumpang yang tinggal di pulau-pulau. Terdapat juga perkhidmatan feri tetap ke Labuan.[74]