Dalam Pilihan Raya Umum Malaysia 2004, pada mulanya Parti Keadilan Nasional ingin menghantarnya bertanding di kawasan Ipoh Timur yang juga diingini oleh Lim Kit Siang dari Parti Tindakan Demokratik (DAP), mencabar Thong Fah Chong dari BN-MCA yang mempertahankan kerusinya. Namun tindakan ini dijangka hanya memisahkan "undi pembangkang" daripada Lim dan mungkin menguntungkan Thong. Oleh itu, walaupun ketika itu DAP sudah keluar dari Barisan Alternatif (BA) (KeADILan merupakan sebuah parti komponen BA ketika itu), namun kedua-dua parti ini cuba berunding atas kerusi yang ditandingi di negeri Perak, akhirnya mereka bersetuju bahawa hanya Lim Kit Siang dari DAP akan mencabar calon BN di Ipoh Timur, manakala Lee Boon Chye dialihkan ke kawasan Gopeng untuk mencabar Tan Sri Dr. Ting Chew Peh dari BN-MCA. Ahkirnya, Lee kalah kepada Ting dengan hanya memperolehi 15,530 undi berbanding lawannya mendapat 30,312 undi. Majoriti bagi kerusi Gopeng pada masa itu ialah 14,782 undi.

Dalam Pilihan Raya Umum Malaysia 2008 beliau mengalahkan calon dari Barisan Nasional, Datuk Ling Hee Leong dengan majoriti sebanyak 7,368 undi. Beliau memperolehi 29,696 undi berbanding lawan beliau memperolehi hanya 22,328 undi.[3]