Guan Eng dilahirkan di Johor dan merupakan anak lelaki kepada Lim Kit Siang, bekas Ketua Pembangkang di Parlimen Malaysia.

Beliau memulakan pendidikan awalnya di La Salle Primary English School di Petaling Jaya, dan kemudiannya di Batu Pahat Montfort Primary English School. Pada pendidikan menengahnya pula, beliau belajar di SMK Tinggi Batu Pahat dan SMK Tinggi Melaka, seterusnya melanjutkan pelajaran tingginya ke Universiti Monash, Australia dalam pengajian Ijazah Ekonomi. Beliau pernah menjadi presiden MUISS (Monash University International Student Society).

Beliau berkahwin dengan Betty Chew, Ahli Dewan Undangan Negeri Kota Laksamana di Melaka dan dikurniakan 4 orang anak.