Pada 2011, Persatuan Bolasepak Singapura dan Persatuan Bolasepak Malaysia mencapai kata sepakat dan menandatangani satu perjanjian dimana menyaksikan satu kerjasama serantau antara dua negara. Antaranya ialah dengan memberi laluan kepada pasukan muda Singapura, iaitu Singa Muda untuk bersaing dalam saingan utama Liga Malaysia. Ini bermakna mereka akan bersaing dalam saingan Liga Super Malaysia, Piala FA Malaysia dan Piala Malaysia bermula pada 2012. Ini merupakan kemunculan kali pertama Singapura dalam Liga-M selepas kali terakhir mereka membuat kemunculan pada tahun 1994 dimana mereka memenangi dua kejuaraan pada tahun berikut, iaitu piala Liga-M dan Piala Malaysia. Walaupun pasukan baru Singapura diwakili oleh kebanyakan pemain Singa Muda sebagai asas, pasukan ini dibenarkan untuk membawa masuk lima pemain tempatan mereka yang melebihi umur 23 tahun, terutamanya jumlah pemain asing mengikut kouta yang diperuntukan dalam saingan bola sepak di Malaysia.[2]

Musim 2012

LionsXII memulakan kerjaya di dalam Liga Super Malaysia 2012 pada 10 Januari 2012 dengan kekalahan 1-2 rumah kepada juara bertahan Kelantan FA.[3] kemenangan pertama LionsXII adalah satu kemenangan 2-1 ke atas Kuala Lumpur FA pada 17 Januari.[4] Kemenangan di tempat lawan yang pertama di LionsXII adalah kemenangan 1-0 ke atas Sabah FA pada 21 Januari.[5] LionsXII memulakan usaha Piala FA Malaysia 2012 mereka pada 18 Februari, dengan kemenangan 3-0 ke atas UiTM FC.[6] LionsXII membuat cara mereka ke suku akhir dengan kemenangan 2-0 ke atas Betaria FC [7] pada 10 Mac 2012. Walau bagaimanapun, mereka telah ditewaskan oleh Terengganu FA dalam suku akhir. Pada 16 Jun 2012, menewaskan Sabah FA 9-0 di rumah, kemenangan terbesar dalam musim MSL. LionsXII menduduki tempat kedua dalam liga di belakang Kelantan FA dan tersingkir daripada separuh akhir Piala Malaysia 2012 selepas tewas dalam penentuan sepakan penalti menentang ATM FA. Pada 29 Disember 2012, penolong jurulatih Kadir Yahaya meninggalkan kedudukannya di LionsXII. Tidak lama kemudian, Ketua Gombak United FC K. Balagumaran mengambil alih jawatannya.[8]

Musim 2013

LionsXII telah menetapkan sasaran untuk menamatkan saingan lima teratas bagi Liga Super Malaysia 2013.[9] Lima pemain lebih umur telah disenaraikan dalam skuad tahun ini untuk membimbing pemain muda iaitu Shahril Ishak, Isa Halim, Fazrul Nawaz, Irwan Shah dan Baihakki Khaizan. pemain utama yang lain seperti Shahdan Sulaiman dan Shaiful Esah tidak lagi ditampilkan. Tujuan utama adalah untuk membangunkan pemain U-23 dan menyediakan mereka untuk Sukan Asia Tenggara 2013 akan datang yang akan diadakan pada akhir tahun ini.

LionsXII memulakan kempen mereka dengan menewaskan ATM FA 1-0 di tempat lawan. Selepas itu, mereka dikalahkan pesaing tradisional negara Selangor FA. Walau bagaimanapun, LionsXII tersandung tiga kerugian terhadap T-Team FC dan PKNS FC. Satu menghantar mereka tersingkir daripada Piala FA Malaysia 2013. Dalam giliran peristiwa, LionsXII pergi rekod tanpa kalah yang panjang, mendapatkan kemenangan penting ke atas Pahang FA (3-0), FA Kelantan (1-0), dan ATM FA (3-1) di rumah.[10]

Pada 2 Julai 2013, kemenangan 4-0 ke atas diancam penyingkiran FELDA United FC dalam perlawanan liga kedua terakhir dibuat juara liga LionsXII.[11] Perdana Menteri Singapura, Lee Hsien Loong hadir untuk perlawanan yang dimainkan di hadapan orang ramai yang dijual keluar di Stadium Jalan Besar. Trofi LSM juga dibawa ke stadium sebagai LionsXII menerimanya di laman sendiri selepas wisel penamat. LionsXII menjadi pasukan asing pertama yang memenangi MSL, menambah empat gelaran liga Malaysia ia telah memenangi pada tahun 1979, 1981, 1985, dan 1994. Tajuk jangka ditakrifkan oleh gabungan pertahanan yang baik (13 gol bolos, rekod terbaik dalam MSL) dan gol daripada set-keping (17 daripada 32). Kelab ini mencatatkan rekod terbaik rumah (10 kemenangan dan 1 seri) dalam liga, menjadikan Stadium Jalan Besar sebuah kubu.

Pada 27 Julai, LionsXII telah diundi dalam Kumpulan D Piala Malaysia 2013 dengan Perak FA, Sarawak FA dan Kedah FA. Mereka menarik Kedah (2-2) di Singapura dan tersungkur akibat dua runtuh menentang Perak (1-0) dan Sarawak (2-1). Dengan keputusan itu, mereka hampir tersingkir daripada kejohanan itu. Pada masa itu, jurulatih V. Sundramoorthy dikatakan meninggalkan LionsXII pada akhir musim ini untuk mengendalikan kelab Liga Perdana Malaysia dan Negeri Sembilan FA.[12]

Pada 28 September, LionsXII mengecil kemenangan 1-0 ke atas ATM FA dalam perlawanan pertama suku akhir Piala Malaysia 2013 tetapi mensia-siakan kepada 1-4 kepada Gladiators dalam perlawanan kedua pada 4 Oktober. Berita V. Sundramoorthy meninggalkan untuk menerajui Negeri Sembilan FA juga kemudiannya disahkan.[13] Dua minggu kemudian, FAS mengumumkan pencarian penggantinya.

Musim 2014

Sufian Anuar dan Khairul Amri dipanggil semula untuk menyertai LionsXII ekoran pengunduran Baihakki Khaizan, Hariss Harun, dan Shahril Ishak kepada kelab-kelab Malaysia.

Pada 7 Disember 2013, bekas jurulatih Johor Darul Takzim dan bekas Singapura antarabangsa Fandi Ahmad telah ditawarkan kontrak selama tiga tahun menerajui LionsXII, walaupun penafian awal oleh FAS.[14] Fandi mengambil peranan lebih awal daripada bekas jurulatih Warriors FC Richard Bok [15] dan Liverpool FC Stalwart Steve McMahon.

LionsXII membuka musim liga mereka dengan kekalahan 1-0 kepada Pahang FA dalam pembuka tirai Piala Amal Perlawanan pada 17 Januari 2014.[16]

Musim 2015

LionsXII merangkul Piala FA Malaysia pertama mereka selepas menewaskan Kelantan FA 3-1 pada perlawanan akhir di Stadium Bukit Jalil. Faris Ramli menjaringkan gol pembukaan selepas hanya tujuh minit sebelum Kelantan menyamakan kedudukan hanya masa lalu sejam. Walau bagaimanapun, Sahil Suhaimi menjaringkan dua gol pada 10 minit terakhir permainan untuk membawa Piala FA Malaysia ke Singapura.[17][18]

Pada 25 November 2015, FAM dilaporkan memutuskan untuk tidak melanjutkan Memorandum Persefahaman (MoU) dengan Persatuan Bola Sepak Singapura (FAS), yang telah ditandatangani pada tahun 2011. Ini secara automatik membatalkan kelayakan LionsXII daripada memasuki lagi mana-mana kejohanan bola sepak di Malaysia. Begitu juga, skuad Malaysia Harimau Muda juga tidak akan memasuki Liga Singapura selepas itu dan seterusnya.[19]

Pembubaran

Ia telah diumumkan oleh Persatuan Bola Sepak Singapura yang LionsXII akan dibubarkan dan pemain akan perlu pergi untuk kelab baru pada 2016. Gaji mereka tidak akan berubah berdasarkan mana-mana kelab di masa hadapan jika mereka membuat keputusan untuk menyertai kelab S.League ke dalam kelalaian.