Selepas bersara, Mahathir telah dipilih sebagai Seri Maharaja Mangku Negara, membenarkan beliau untuk menerima pakai gelaran "Tun".[144] Beliau berjanji untuk "benar-benar" meninggalkan politik, menolak peranan emeritus dalam kabinet Abdullah.[145] Abdullah segera menunjukkan tanda sebagai Perdana Menteri yang lebih tenang dan kurang pertentangan. Dengan kelayakan agama lebih kuat daripada Mahathir, beliau mampu untuk menewaskan lonjakan PAS dalam pilihan raya tahun 1999, dan memimpin Barisan Nasional dalam pilihan raya tahun 2004 kepada kemenangan yang sangat besar, mengambil 199 daripada 219 kerusi Parlimen.[146] Mahathir adalah Ketua Pegawai Eksekutif, Pengerusi dan dengan itu penasihat kanan kepada banyak syarikat Malaysia perdana, seperti Proton, Yayasan Kepimpinan Perdana dan syarikat minyak dan gas milik kerajaan Malaysia, Petronas, dan lain-lain.[147] Mahathir dan Abdullah mempunyai kejatuhan besar ke atas Proton pada tahun 2005. Ketua Eksekutif Proton, sekutu Mahathir, telah dipecat oleh lembaga pengarah syarikat tersebut. Dengan berkat Abdullah, syarikat itu kemudiannya menjual salah satu aset hadiah syarikat, syarikat motosikal MV Agusta yang telah dibeli atas nasihat Mahathir.[148] Mahathir juga mengkritik pemberian permit import untuk kereta asing, yang dikatakan telah menyebabkan jualan domestik Proton menderita,[149] dan menyerang Abdullah kerana membatalkan pembinaan tambak kedua antara Malaysia dan Singapura.[150] Mahathir mengadu bahawa pandangan beliau tidak mendapat siaran yang mencukupi oleh akhbar Malaysia, kebebasan yang beliau turut disekat semasa Perdana Menteri: beliau telah dinamakan sebagai salah satu daripada "Sepuluh Musuh Akhbar" oleh Jawatankuasa Melindungi Wartawan untuk sekatan beliau pada surat khabar dan penjara sesekali wartawan.[151] Beliau berpaling kepada perhatian dunia blog sebagai tindak balas, menulis kolum untuk Malaysiakini, laman web yang bersimpati kepada pembangkang, dan memulakan blog sendiri.[152] Beliau tidak berjaya mendapatkan pilihan raya daripada bahagian parti tempatan untuk menjadi perwakilan ke Perhimpunan Agung UMNO pada tahun 2006, di mana beliau merancang untuk memulakan pemberontakan terhadap kepimpinan Abdullah bagi parti.[153] Selepas pilihan raya 2008, di mana UMNO kehilangan majoriti dua pertiga di Parlimen, Mahathir meletak jawatan daripada parti. Abdullah telah digantikan oleh timbalannya, Najib Razak, pada tahun 2009, satu langkah yang mendorong Mahathir untuk menyertai semula parti.[154] Mahathir terus menarik kontroversi dalam persaraan untuk kenyataan mengenai hal ehwal antarabangsa. Beliau merupakan pengkritik lantang Israel, ke titik di mana pada tahun 2012 beliau menyatakan: "Saya gembira untuk dilabelkan antisemitik [...] Bagaimana saya boleh menjadi sebaliknya, apabila orang Yahudi yang selalu bercakap kengerian mereka mengalami semasa Holokus menunjukkan kekejaman Nazi yang sama dan sukar kepentingan hati ke arah bukan sahaja musuh-musuh mereka tetapi juga terhadap sekutu mereka apa-apa harus cuba untuk menghentikan pembunuhan yang tidak masuk akal musuh Palestin mereka. "[155] Mahathir menubuhkan Suruhanjaya Jenayah Perang Kuala Lumpur untuk menyiasat aktiviti Amerika Syarikat, Israel dan sekutu-sekutunya di Iraq, Lubnan dan wilayah Palestin.[156] Beliau juga telah mencadangkan bahawa serangan 11 September 2001 mungkin telah dilakukan oleh kerajaan Amerika Syarikat.[157]

Mahathir melancarkan Inisiatif Kuala Lumpur untuk Forum Menjenayahkan Perang pada tahun 2005 yang membawa kepada penubuhan Pertubuhan Keamanan Perdana Global pada tahun 2006. Forum ini diakhiri dengan sokongan utama daripada para peserta bahawa perjuangan aktif dan berterusan serius diperlukan untuk mengharamkan peperangan dan menggalakkan keamanan global Pada tahun 2010, Perdana Global Peace Foundation (PGPF) telah didaftarkan sebagai sebuah pertubuhan bukan kerajaan di mana Mahathir merupakan Presiden. Usaha yang telah diambil oleh PGPF adalah penubuhan PGPF Kerusi Tun Mahathir untuk Keamanan Global di Universiti Islam Antarabangsa Malaysia, program Mahathir Peace School Global, PGPF Club, Break the Siege, Projek Permata di Gaza dan Musim Sejuk Hangat dan Kempen Ramadhan. Seperti yang dibayangkan oleh Mahathir, PGPF amat menyokong keamanan sejagat melalui persidangan antarabangsa, ceramah dan program capaian luar di sekolah-sekolah, universiti dan forum awam. Mahathir menjalani pembedahan pintasan jantung pada tahun 2007, berikutan dua serangan jantung dalam tempoh dua tahun sebelumnya. Beliau telah menjalani operasi yang sama selepas serangan jantung pada tahun 1989. Selepas pembedahan 2007, beliau mengalami jangkitan dada. Beliau dimasukkan ke hospital untuk rawatan jangkitan dada lain pada tahun 2010.[153][158]

Berikutan skandal 1Malaysia Development Berhad pada tahun 2015, Mahathir menjadi seorang pengkritik kerajaan Perdana Menteri Najib Razak, lebih-lebih lagi daripada Abdullah.[85] Beliau telah berulang kali menggesa Najib untuk meletakkan jawatan.[159] Pada 30 Ogos 2015, beliau dan isterinya, Siti Hasmah, menghadiri perhimpunan Bersih 4 yang menyaksikan puluhan ribu menunjukkan perletakan jawatan Najib.[160]

Pada 2016, Mahathir mencetuskan beberapa protes yang memuncak dalam Perisytiharan Warga Malaysia dengan sendiri dengan bantuan Pakatan Harapan dan NGO untuk menggulingkan Najib.[161][162] Respon Najib kepada tuduhan rasuah telah mengetatkan cengkaman kuasa dengan menggantikan Timbalan Perdana Menteri, menggantung dua akhbar dan menolak melalui parlimen Rang Undang-undang Majlis Keselamatan Negara kontroversi yang menyediakan Perdana Menteri dengan kuasa belum pernah terjadi sebelumnya.[163][164] Pada Jun 2016, Mahathir juga secara aktif berkempen untuk calon AMANAH dari Pakatan Harapan untuk pemilihan kecil Sungai Besar 2016 dan pilihan raya umum Kuala Kangsar 2016.

Menjelang 2017, Mahathir telah mendaftarkan parti politik baru dan menyertai Pakatan Harapan. Beliau telah dicadangkan sebagai calon pengerusi dan calon perdana menteri Pakatan Harapan.[165]