Pengerusinya yang paling awal di Mahkamah Persekutuan adalah Mahkamah Kehakiman Putera Wales '(sekarang Pulau Pinang), Singapura dan Melaka, yang ditubuhkan oleh Piagam Kedua Keadilan, yang dikeluarkan oleh Crown]] sebagai surat paten bertarikh 27 November 1826. [1] Mahkamah telah dipengerusikan oleh Gabenor Selat Negeri dan Ahli Majlis Residen penyelesaian di mana mahkamah akan diadakan, dan hakim lain memanggil Peretar (hakim). [2] Piagam Keadilan Ketiga pada 12 Ogos 1855 menyusun semula Mahkamah, menyediakan Selat Settlements dengan dua Rekod, satu untuk Pulau Putera Wales dan lain untuk Singapura dan Melaka. [3]

Berikutan penyusunan semula Negeri-negeri Selat sebagai Koloni Mahkota berkuat kuasa 1 April 1867, [4] Mahkamah Kehakiman digantikan oleh Mahkamah Agung di Negeri-Negeri Selat. [5] Gabenor dan Ahli Majlis Residen tidak lagi menjadi hakim Mahkamah. ref>These changes were respectively effected by the Judicial Duties Act (No. 3 of 1867) (Straits Settlements) and the Supreme Court Ordinance 1868 (No. 5 of 1868) (Straits Settlements).</ref>

Perubahan selanjutnya terhadap perlembagaan Mahkamah dibuat pada tahun 1873. Ia sekarang terdiri daripada dua bahagian - Ketua Hakim Negara dan Ketua Puisne Judge membentuk bahagian Singapura dan Melaka di Mahkamah, manakala Hakim Pulau Pinang dan Hakim Junior Puisne membentuk bahagian Pulau Pinang. Mahkamah Agung juga menerima yuridiksi untuk duduk sebagai Mahkamah Rayuan dalam undang-undang sivil [undang-undang biasa] | perkara-perkara sivil]. Pada tahun 1878, bidang kuasa dan kediaman hakim dibuat lebih fleksibel, dengan itu secara tersirat dihapuskan pembahagian geografi Mahkamah Agung. [6] keputusan Mahkamah Agung terletak terlebih dahulu ke Mahkamah Rayuan dan kemudian kepada Permaisuri Dalam-Majlis, rayuan terakhir yang didengar oleh Jawatankuasa Kehakiman Majlis Privy. [7]

Sebagai hasil undang-undang yang dikeluarkan pada tahun 1885, Ordinan No. XV tahun 1885 (Selat Settlements).[8] Mahkamah Agung terdiri dari Ketua Hakim Negara dan tiga hakim puisne. Mahkamah telah diubahsuai dengan ketara pada tahun 1907.[9] Ia kini mempunyai dua bahagian, yang menjalankan [[bidang kuasa asal] bidang kuasa sivil dan jenayah asal] ] dan lain-lain [[wilayah rayuan] [undang-undang sivil dan jenayah rayuan]].[10]

Semasa pendudukan Jepun di Singapura (1942-1945), semua mahkamah yang beroperasi di bawah British telah digantikan oleh mahkamah baru yang ditubuhkan oleh Pentadbiran Tentera Jepun. Syonan Koto-Hoin (Mahkamah Agung) dibentuk pada 29 Mei 1942; terdapat juga Mahkamah Rayuan, tetapi ia tidak pernah diadakan.

Selepas akhir Perang Dunia II, mahkamah yang telah wujud sebelum perang dipulihkan. Tidak ada perubahan dalam sistem peradilan ketika Selat Settlements dibubarkan pada tahun 1946 dan Singapura menjadi koloni mahkota dalam haknya sendiri,[11] kecuali bahawa Mahkamah Agung di Negeri-negeri Selat dikenali sebagai Tertinggi Mahkamah Singapura.[12]

Mahkamah Pulau Pinang dan Melaka bergabung dengan seluruh Persekutuan Malaya untuk membentuk Mahkamah Agung Persekutuan Tanah Melayu. Ini berterusan pada kemerdekaan pada 1957 sehingga 1963. Apabila Malaya, Sabah, Sarawak, dan Singapura membentuk [ ] pada tahun 1963, mahkamah itu dinamakan semula sebagai Mahkamah Persekutuan Malaysia .

Kuasa kehakiman Malaysia terletak[13] pada Mahkamah Persekutuan, Mahkamah Tinggi di Mahkamah Tinggi, Mahkamah Tinggi di Borneo (sekarang Mahkamah Tinggi di Sabah) dan [[Mahkamah Tinggi di Malaysia] Sarawak]]), dan Mahkamah Tinggi di Singapura (yang menggantikan Mahkamah Agung Koloni Singapura).[14] Rayuan terletak dari Mahkamah Tinggi di Singapura ke Mahkamah Persekutuan di Kuala Lumpur, dan kemudian ke Majlis Privy.

Penggabungan itu tidak berlangsung: pada 1965 Singapura meninggalkan Persekutuan Malaysia dan menjadi republik bebas. Walau bagaimanapun, Mahkamah Tinggi Singapura kekal sebagai sebahagian daripada struktur Mahkamah Persekutuan Malaysia sehingga tahun 1969, apabila Singapura menggubal Akta Mahkamah Kehakiman Agung[15] untuk menstabilkan sistem kehakiman.

Sebelum tahun 1985, Mahkamah Persekutuan kekal sebagai mahkamah tertinggi kedua di tanah itu, yang menjadi subordinat kepada Majlis Privy di England.[16] Pada 1 Januari 1978, rayuan kepada Majlis Privy dalam perkara jenayah dan perlembagaan telah dimansuhkan, manakala rayuan dalam perkara sivil telah dimansuhkan pada 1 Januari 1985.[16] When appeals to the Privy Council were abolished, the court was renamed Supreme Court of Malaysia. Finally, on 24 June 1994, as part of reforms, the court was once again renamed the Federal Court of Malaysia.[17]