McDonald's menghadapi pelbagai masalah. Sebahagian daripada ini adalah untuk bidang francais. Sebagai sebuah sistem francis yang terbesar dan terkenal di dunia, ia harus memperoleh keeratan dalaman melalui pengimbangan kepentingan pembeli francaisnya dengan kepentingan diri. Pada waktu yang sama, jangkauan sejagatnya serta barisan keluaran yang piawai dan tingkat perkhidmatannya telah menyebabkan McDonald's menjadi sasaran bantahan anti globalisasi. Sebagai sebuah syarikat makanan segera yang mempunyai profil yang tertinggi, ia sering disalahkan untuk kegemukan dan pembaziran bahan-bahan pembungkusan yang berlebih-lebihan. Langkah-langkah syarikat untuk melindungi reputasi dan tanda niaganya ada yang dianggap terlalu menindas.

Sebagai rangkaian restoran yang terbesar di dunia, McDonald's juga merupakan sasaran untuk kritikan luar. Walaupun francaisnya di luar negara biasanya dimiliki oleh usahawan tempatan dan menggunakan bahan-bahan makanan tempatan, McDonald's sering ditonjolkan sebagai lambang dominasi sumber ekonomi Amerika Syarikat. Terdapat banyak legenda di seluruh bandar mengenai syarikat ini dan makanannya. Ia sering juga mendapat sasaran tuntutan mahkamah di luar jangkaan.

McDonald's telah menjadi sasaran kritikan untuk tuduhan:

• eksploitasi pekerja-pekerja di peringkat kemasukan;
• penggunaan buruh yang bergaji rendah untuk menghasilkan mainan "hidangan gembira" ("happy meal");
• kerosakan ekologi yang disebabkan oleh pengeluaran pertanian dan pemprosesan perindustrian untuk produknya;
• penjualan makanan yang tidak sihat;
• penghasilan produk buangan pembungkusan;
• pengiklanan yang bersifat mengeksploitasi (yang ditujui khasnya kepada kanak-kanak, kelompok minoriti dan orang-orang yang berpendapatan rendah);
• penyumbangan kepada penderitaan dan eksploitasi ternakan.
• duitnya akan diberikan pada ibu pejabat McDonald's. Kemudian dibahagikan untuk diberikan pada orang yahudi di Palestin dan di negara senasibnya.

Kecenderungan bersejarah McDonald's untuk mempromosikan makanan berkalori tinggi seperti kentang jejari telah menyebabkannya memperolehi nama samaran "Lengkung-lengkung berkanji".

Pada tahun 2004, filem dokumentari Morgan Spurlock yang bertajuk "Besarkan Saiz Saya" (Super Size Me) menghasilkan publisiti yang buruk untuk McDonald's, dengan tuduhan bahawa makanan McDonald's merupakan antara sebab yang utama kepada wabak kegemukan dalam masyarakat Amerika, serta telah gagal dalam memberikan maklumat pemakanan mengenai setiap kandungan makanannya kepada pelanggan. Selama 30 hari, Spurlock tidak makan apa-apa kecuali McDonald's (dan mengubahkan pesanannya kepada saiz besar jika ditanya). Selepas sebulan, Spurlock melaporkan kemurungan hati, disfungsi seksual, dan telah bertambah 24.5 paun (11.11 kg).

Selepas penayangan filem itu di "Pesta Filem Sundance", tetapi sebelum penayangannya di pawagam, McDonald's menghentikan pilihan hidangan Saiz Super secara berperingkat-peringkat dan bermula menghidangkan beberapa pilihan yang lebih sihat. Syarikat itu juga memulakan amalan untuk meletakkan maklumat pemakanan bagi semua makanannya dalam huruf yang saiz taipnya kecil dan berwarna kelabu muda di sebelah belakang kertas dulang.

Banyak orang yang lain kemudian mengikut Spurlock untuk makan di McDonald's tanpa makanan yang lain selama sebulan tetapi mereka memilih makanan mereka dengan bijak (Spurlock makan setiap makanan dalam menu sekurang-kurang sekali, dan selalu bersetuju menggantikan kepada saiz yang besar jika ditanya oleh pekerja McDonald's, dan terus makan lagi selepas dia telah kenyang) dan bersenam lebih kerap, tanpa mengalami kesan yang buruk.

Tuntutan mahkamah

McDonald's juga dikritik tentang caranya untuk memeliharakan imej dan hak ciptanya. Syarikat ini telah mengugut banyak perniagaan perkhidmatan makanan dengan tindakan mahkamah melainkan mereka menggugurkan Mc atau Mac daripada nama niaga mereka. Dalam satu kes yang patut diberi perhatian, McDonald's mendakwa seorang pemilik kedai kopi Scotland yang bernama "McDonald's", walaupun perniagaannya telah berlangsung melebihi satu abad dari satu keturunan ke satu keturunan.

Di Afrika Selatan, McDonald's terpaksa melawan undang-undang tanda dagangan negara itu yang menyatakan bahawa sebuah tanda dagangan yang telah didaftarkan harus digunakan dalam tempoh yang tertentu. Oleh sebab McDonald's tidak mematuhi syarat ini, sebuah syarikat tempatan mengumumkan rancangan untuk melancarkan rangkaian makanan segeranya dengan menggunakan nama McDonald's. Bagaimanapun, Mahkamah Tinggi Afrika Selatan kemudian memihak McDonald's.

Pada tahun 2003, satu keputusan oleh Pihak Berkuasa Piawai Pengiklanan UK memastikan bahawa McDonald's telah melanggari tata amalan ketika memaklumkan cara bagaimana kentang jejarinya disediakan. Sebuah iklan bercetak McDonald's menyatakan bahawa "selepas memilih kentang... kami mengupas, memotong dan menggorengnya, itu sahaja." Sebenarnya, kentang McDonald's dipotong, digoreng lebih dahulu, kekadang dengan penambahan dekstrosa, disejuk beku, dihantar dan kemudiannya digoreng semula serta ditambah dengan garam.