Sejarah MECD bermula dengan penubuhan Kementerian Penyelarasan Perbadanan Awam (KPPA) pada tahun 1974 yang kemudiannya ditukarkan kepada Kementerian Perusahaan Awam (KPA) pada tahun 1976. KPA bertanggungjawab untuk mengawas dan menyelaras agensi-agensi perusahaan awam seperti Majlis Amanah Rakyat (MARA), Perbadanan Pembangunan Bandar (UDA) dan Perbadanan Kemajuan Ekonomi Negeri (PKEN).

Penubuhan Kementerian Pembangunan Usahawan pada 8 Mei 1995 bagi menggantikan KPA bertujuan untuk memberi tumpuan dan penekanan khusus terhadap pembangunan usahawan Bumiputera untuk mempercepatkan pencapaian matlamat pewujudan sebuah Masyarakat Perdagangan dan Perindustrian Bumiputera (MPPB). Penyusunan semula kementerian sebagaimana pada 27 Mac 2004 memperlihatkan Kementerian Pembangunan Usahawan telah diberi nama baru iaitu Kementerian Pembangunan Usahawan dan Koperasi dengan tambahan tanggungjawab terhadap Jabatan Pembangunan Koperasi, Maktab Kerjasama Malaysia dan Bank Kerjasama Rakyat Berhad.

Selepas Mohd Najib bin Abdul Razak menjadi Perdana Menteri pada 2009, kementerian ini menjadi antara yang dihapuskan. Peranannya dibahagi-bahagikan dan diserap oleh kementerian lain.