Kebanyakan daripada geografi Mesir terletak di Afrika Utara, walaupun Semenanjung Sinai adalah dalam Asia barat daya. Negara ini mempunyai persisiran pantai Laut Mediterranean dan Laut Merah; ia bersempadan dengan Libya di barat, Sudan di selatan, dan Semenanjung Gaza, Palestin dan Israel ke timur. Mesir Purba terbahagi kepada dua kerajaan, dikenali sebagai Mesir Hulu dan Hilir. Berlainan dengan kebiasaan, Mesir Hulu (Upper Egypt) terletak di selatan dan Mesir Hilir (Lower Egypt) di utara, dinamakan menurut aliran sungai Nil. Sungai Nil mengalir ke utara dari titik selatan ke Mediterranean bukannya kebahagian selatan daripada titik utara. Sungai Nil, yang merupakan tumpuan penduduk negara tersebut telah menjadi sumber kehidupan bagi kebudayaan Mesir semenjak kebudayaan Naqada dan Zaman Batu.

Kedua kerajaan membentuk Kemet ("tanah hitam"), nama bagi tanah hitam yang dimendak oleh air bah sungai nil. Gurun pula dikenali sebagai Deshret ("tanah merah"), menurut Herodotus: "Mesir merupakan negara tanah hitam.... Kita ketahui bahawa Libya mempunyai tanah lebih merah." (Histories, 2:12). Tetapi Herodotus turut menyatakan "Colchians adalah penduduk Mesir...berdasarkan fakta bahawa mereka berkulit hitam dan mempunyai rambut kerinting." (Histories Book 2:104), dan Champollion yang lebih muda (yang mendikripsi Batu Rosetta) dalam Expressions et Termes Particuliers (Pernyataan dan Syarat Khusus) mendakwa bahawa Kemet sebenarnya tidak merujuk kepada tanah, tetapi kepada penduduk negro dalam ertikata "Negara Hitam)".