Lebuhraya pintasan Muar (Muar Bypass), (2 lorong dua hala) sepanjang 14 km termasuk Jambatan Kedua Muar dengan rekabentuk menarik yang keseluruhannya disiapkan pada 2005 adalah mercu tanda terbaru bandar ini. Lebuhraya yang menyusuri persisiran bandar Muar ini akan memudahkan perjalanan dengan mengalihkan aliran trafik daripada kawasan bandar dan seterusnya dapat mengurangkan kesesakan di Jambatan Sultan Ismail Muar yang lebih tua. Lebuhraya sedemikian (atau jalan lingkaran) adalah ciri biasa bagi Kuala Lumpur, Johor Bahru, Pulau Pinang, Melaka dan Seremban yang kesemuanya adalah ibu negeri. Walaupun Muar tidak berstatus sebagai bandar besar, pembinaannya di Muar telah menggambarkan kepentingan Muar dari segi ekonomi dan membolehkannya untuk merampas kembali kedudukannya selaku bandar kedua terbesar di negeri Johor.

Kini perjalanan dari Melaka ke Muar disingkatkan lagi dengan siapnya lebuhraya AMJ yang menyambungkan Alor Gajah - Bandaraya Melaka - Muar.

Di samping jalan persekutuan, Muar turut dihubungkan oleh Lebuhraya Utara – Selatan melalui susur keluar di Tangkak dan Pagoh yang masing-masing terletak 20 km dan 30 km dari Muar.

Terdapat juga perkhidmatan feri secara tetap ke Dumai, Sumatera, Indonesia yang bertolak dari jeti Kastam.

Muar tidak mempunyai perkhidmatan kereta api. Stesen Kereta Api Segamat merupakan laluan kereta api terdekat yang terletak kira-kira 80 kilometer ke utara Muar.Pengunjung boleh menggunakan stesen KTM Segamat seterusnya menaiki bas atau teksi ke Muar.