Pendidikan bagi genarasi muda disediakan secukupnya oleh beberapa sekolah di Muar. Berikut adalah senarai tidak lengkap sekolah-sekolah di Muar.

• SMA LUGHATUL QURAN,KESANG TASEK
• SMA TANWIRIYAH,PARIT JAWA
• SMA SHAMSUDDINIAH,KUNDANG ULU
• SMA DARUL ULUM,SEROM
• SMA LUGHATIL ARABIYAH,TANGKAK
• SMK Raja Muda
• SMK Tengku Mahmud Iskandar
• SMK Tengku Temenggong Ahmad
• SMK Tun Dr. Ismail (STUDI)
• SMK PARIT BUNGA
• SMK PESISIRAN PERDANA
• SM Teknik Muar (SM Vokasional Muar sehingga 1996)
• SMK Sungai Abong
• SMK (A) Ma'ahad Muar
• SMK St. Andrew
• Sekolah Tinggi Muar
• SMK Tengku Mahkota (STM)
• SMK Convent Muar
• SMK Bandar Maharani
• SMK Dato' Sri Amar Diraja (SEDAR)
• SMK Sultan Abu Bakar
• SMK Jalan Junid
• SMK Sri Muar
• SMK Bukit Naning (dahulu dikenali sebagai SMK Air Hitam Batu 15)
• SMK Pei Hwa
• MRSM Muar (berasrama penuh)
• SMS Sains Muar (berasrama penuh)
• SRK Abdullah
• SK Serom 3
• SK Parit Bunga
• SMK Tun Perak
• SMK Sultan Alauddin Riayat Shah 1 Pagoh
• SMK Lenga
• SMK Bukit Pasir
• SK Bakri Batu 5
• SMK SERI MENANTI

Sekolah yang paling terkenal di Muar ialah Sekolah Tinggi Muar. Ia ditubuhkan pada 1902 dan bangunan sekolah yang dibina pada 1915 masih berdiri megah. Semasa Perang Dunia Kedua, sekolah ini telah digunakan sebagai kem tahanan pihak Jepun. Bekas pelajar sekolah ini termasuk pembesar negeri dan pemimpin, pegawai tinggi Kerajaan dan industrialis seperti Tan Sri Othman Saat, Tan Sri Muhyiddin Yassin, Tan Sri Abdul Ghani Othman, Tan Sri Dr Chua Soi Lek, Dato' Chua Jui Meng, Mr. Rahul Doraisamy, Mr Khairilfaizi,Mr. Sathesh Narayanan, Mr. Adam Tee, Mr. Victor Yeo, Mr. Senthil Doraisamy dan Mr. Triptipal Singh.

Sumbangan sekolah menengah Teknik Muar dalam melahirkan tenaga mahir di Muar memang tidak di nafikan lagi.Sejak dari aliran Vokasional menjadi teras pelajaran di sekolah ini,ramai bekas pelajar sekolah tersebut berjaya menjawat jawatan seperti jurutera mahir mahupun kakitangan kerajaan di dalam bidang teknikal.Sesungguhnya kewujudan Sekolah Menengah Teknik Muar (dahulunya Sekolah Menengah Vokasional Muar) merupakan titik permulaan kecemerlangan kejuruteraan di kalangan masyarakat di daerah Muar.

Pada tahun 2005, Pusat Sumber SMK Parit Bunga telah mendapat johan PSS Cemerlang peringkat negeri Johor. Pada tahun 2006, Pusat Sumber SMK Parit Bunga telah mewakili Negeri Johor dalam Pertandingan PSS Cemerlang peringkat Kebangsaan dan berjaya mencapai kejayaan dengan mendapat Naib Johan dalam pertandingan tersebut.