Musytari memiliki atmosfera planet terbesar di Sistem Suria dengan ketinggian yang membentang hingga 5,000 km (3,107 mi).[30][31] Karena Musytari tidak memiliki permukaan, dasar atmosfera ditentukan terletak di bahagian bertekanan atmosfera sebesar 10 bar, atau sepuluh kali tekanan permukaan di Bumi.[30]

Lapisan awan

kiri|jmpl|Animasi yang menunjukkan pergerakan awan Musytari.

Musytari dilapisi oleh awan yang terdiri dari kristal amonia dan kemungkinan amonium hidrosulfida. Awan-awan tersebut terletak di tropopause dan tersusun menjadi lapisan-lapisan yang terletak di lintang yang berbeda. Lapisan-lapisan tersebut terbagi lagi menjadi “zona” dengan warna yang lebih cerah dan “sabuk” yang lebih gelap. Interaksi antara pola sirkulasi yang saling berlawanan mengakibatkan terjadinya badai dan turbulensi. Kecepatan angin sebesar 100 m/s (360 km/j) umum ditemui di zonal jet Musytari.[32] Zona-zona tersebut memiliki lebar, warna, dan kekuatan yang berbeda setiap tahunnya, namun cukup stabil sehingga dapat diberi penandaan.[12]

Kedalaman lapisan awal Musytari tercatat sebesar 50 km (31 mi), dan terdiri dari paling tidak dua dek awan: dek bawah yang tebal dan wilayah yang tipis dan lebih jelas. Mungkin terdapat lapisan awan air yang tipis di bawah lapisan amonia, yang dibuktikan dengan ditemukannya kilatan di atmosfera Musytari. Hal ini disebabkan oleh kekutuban air yang memungkinkan terjadinya pemisahan muatan yang dibutuhkan untuk menghasilkan petir.[20] Kekuatan pelepasan elektrik ini dapat mencapai seribu kali kekuatan petir di Bumi.[33] Di awan-awan air dapat berlangsung badai petir yang didorong oleh panas dari bahagian dalam.[34]

Warna jingga dan coklat di awan Musytari dihasilkan oleh senyawa yang berubah warna ketika terpapar dengan sinar ultraviolet dari Matahari. Susunannya masih belum pasti, namun substansi yang diduga terkait adalah fosfor, sulfur, atau kemungkinan hidrokarbon.[20][35] Senyawa-senyawa berwarna yang disebut kromofor ini bercampur dengan dek awan yang hangat di bahagian bawah. Zona-zona terbentuk ketika sel konveksi membentuk amonia terkristalisasi yang menutupi awan di bahagian bawah.[36]

Akibat kemiringan sumbu Musytari yang rendah, kutub-kutub Musytari menerima lebih sedikit radiasi matahari bila dibandingkan dengan wilayah khatulistiwa. Konveksi di bahagian dalam planet mengalirkan lebih banyak energi ke wilayah kutub, sehingga menyeimbangkan suhu di lapisan awan.[12]

Bintik Merah Raksasa dan badai besar lainnya

jmpl|Pemandangan Bintik Merah Raksasa Musytari ini diabadikan oleh prob Voyager 1 pada 25 Februari 1979, saat prob tersebut berada pada jarak 9,2 juta km (5,7 juta mi) dari Musytari. Detail awan sebesar 160 km (99 mi) (100 mi) dapat terlihat di gambar ini. Pola awan yang berwarna dan bergelombang di sebelah kiri merupakan wilayah dengan pergerakan gelombang yang sangat kompleks dan beragam. Sebagai gambaran ukuran, badai oval putih di bawah Bintik Merah Raksasa memiliki diameter yang kurang lebih sama dengan Bumi.

Ketampakan Musytari yang paling dikenal adalah Bintik Merah Raksasa, yaitu badai antisiklon yang lebih besar dari Bumi dan terletak di 22° sebelah selatan khatulistiwa. Badai ini sudah ada paling tidak semenjak tahun 1831,[37] dan kemungkinan dari tahun 1665.[38][39] Model matematis menunjukkan bahwa badai ini stabil dan mungkin merupakan ketampakan permanen.[40] Badai ini cukup besar sehingga dapat dilihat dengan menggunakan telesko dari Bumi dengan bukaan 12 cm atau lebih besar.[41]

Objek yang berbentuk oval ini berotasi melawan arah jarum jam dengan periode rotasi selama enam hari.[42] Dimensi Bintik Merah Raksasa tercatat sebesar 24–40.000 km × 12–14.000 km. Diameternya cukup besar untuk menampung dua atau tiga diameter Bumi.[43] Ketinggian maksimal badai ini adalah 8 km (5 mi).[44]

Badai semacam ini banyak ditemui pada raksasa gas dengan atmosfera yang bergolak. Musytari juga memiliki oval putih dan coklat yang biasanya lebih kecil dan tidak dinamai. Oval putih biasanya terdiri dari awan yang relatif dingin di atmosfera atas. Oval coklat merupakan awal yang lebih hangat dan terletak di “lapisan awan normal”. Badai semacam ini dapat berlangsung selama beberapa jam hingga berabad-abad.

jmpl|kiri|Video ini menunjukkan pergerakan atmosfera dan Bintik Merah Raksasa. Lihat video berukuran penuh di sini. Bahkan sebelum prob Voyager membuktikan bahwa Bintik Merah Raksasa merupakan badai, terdapat bukti kuat bahwa bintik tersebut tidak terkait dengan ketampakan di permukaan karena pergerakannya berbeda dengan pergerakan atmosfera Musytari: kadang-kadang lebih cepat dan kadang-kadang lebih lambat. Dalam sejarah bintik ini telah bergerak beberapa kali di Musytari relatif terhadap patokan rotasi tetap manapun.

Pada tahun 2000, muncul ketampakan di belahan selatan yang mirip dengan Bintik Merah Raksasa, namun lebih kecil. Ketampakan ini merupakan gabungan dari beberapa badai oval yang lebih kecil dan berwarna putih. Ketampakan gabungan ini dinamai Oval BA, dan kadang-kadang dijuluki Bintik Merah Kecil. Intensitas badai tersebut semenjak itu meningkat dan warnanya berubah dari putih menjadi merah.[45][46][47]