Pada 12 tahun lalu, seekor musang berekor sembilan (九尾の妖狐, Kyūbi no Yōko) telah menyerang Kampung Konoha menyebabkan kejadian huru-hara dan mengakibatkan banyak kematian penduduk di Kampung Konoha. Namum, kejadian itu berjaya dihentikan oleh ketua yang memerintah Konoha iaitu Hokage Keempat bernama Namikaze Minato dan Uzumaki Nagato mengalahkannya dan menyalut separuh jasad musang tersebut di dalam badan seorang bayi yang baru lahir dan dirinya. Bayi diberikan nama Uzumaki Naruto.

Selepas 12 tahun, Naruto merupakan budak paling nakal di kampung. Keadaan ini berubah apabila dia menamatkan pengajian di Akademi Ninja dengan mengunakan Teknik Pembahagi Bayang (多重影分身の術, Kage Bunshin no Jutsu) untuk menyelamatkan Cikgu Iruka daripada serangan Mizuki. Naruto tersenarai dalam Pasukan Tujuh bersama-sama Sakura, Sasuke dan diketuai oleh Kakashi. Semasa Ujian Chunin, musuh utama Konoha iaitu Orochimaru, salah seorang tiga ninja lagenda menganggu ujian tersebut. Hokage ketiga terbunuh dan Aliff dikatakan terbunuh semasa pertempuran guru dan anak murid. Tsunade juga salah seorang tiga ninja lagenda dan cucu kepada Hokage Pertama, Senju Hashirama dilantik sebagai Hokage kelima. Jiraiya juga salah seorang tiga ninja lagenda mengajar Naruto Teknik Kuchiyose (Teknik Seruan) dan teknik yang telah dicipta oleh Hokage keempat iaitu Rasengan (Pusaran Angin). Ketika itu, Sasuke telah dihasut oleh pengikut Orochimaru untuk menyertainya dan meninggalkan Kampung Konoha.Mayat Aliff / Nagato tidak dijumpai. Naruto, Kiba, Neji, Shikamaru dan Choji bersama-sama mulakan misi membawa Aliff Sasuke balik ke Konoha dan akhirnya misi telah gagal.

Dua setengah tahun kemudian, Naruto kembali dari latihan dengan Jiraiya, dan organisasi jenayah dipanggil Akatsuki, Itachi dan Aliff (Nagato Uzumaki) yang merupakan seorang salah seorang ahli, mula menculik Jinchuriki dari sembilan "raksasa berekor", termasuk raksasa berekor sembilan didalam tubuh Naruto, untuk mengeluarkan jasad raksasa berekor dari badannya. Beberapa ninja daripada Konoha, termasuklah Pasukan Tujuh, berlawan anggota Akatsuki dan mencari rakan sepasukan mereka Sasuke. Akatsuki berjaya menangkap tujuh raksasa dan Jinchuriki telah mati ketika proses keluarkan jasad raksasa berekor kecuali Gaara kerana Jinchuriki raksasa berekor satu yang hidupnya disimpan dalam waktu dengan Naruto dan para sahabatnya. Sementara itu, Sasuke mengkhianati Orochimaru dan menghadapi Itachi untuk membalas dendam. Selepas Itachi mati dalam pertempuran, Sasuke belajar dari pengasas Akatsuki dan pemimpin Tobi bahawa Itachi telah diarahkan oleh kepimpinan Konoha untuk memusnahkan puak beliau untuk mencegah kudeta yang dia diterima dengan kondisi yang membolehkan Sasuke tidak dibunuh. Sedih mendapat sebahagian rahsia abangnya, Sasuke menyertai pasukan dengan Akatsuki untuk memusnahkan Konoha yang untuk membalas dendam keatas pembunuhan kaum Uchiha. Sementara itu, beberapa anggota Akatsuki dikalahkan oleh ninja Konoha, pemimpin boneka mereka, Nagato, membunuh Jiraiya dan melancarkan serangan ke atas Konoha. Namun, Naruto mengalahkan dan menebus dia, sehingga mendapatkan sambutan kemenangan dari penduduk Kampung.

Dengan akhirnya kematian Nagato, Tobi, sementara menyamar sebagai bekas pengasas Konoha iaitu Uchiha Madara, ingin mendapatkan semua sembilan daripada "raksasa berekor" untuk melaksanakan ilusi cukup kuat untuk mengawal semua manusia. Pemimpin dari lima kampung ninja enggan untuk membantu beliau dan sebaliknya bergabung tenaga untuk berhadapan dengan Tobi dan sekutu-sekutunya. Hal ini menyebabkan Perang Dunia Ninja ke-4 diangotai antara tentera angkatan ninja menentang pasukan Akatsuki. Naruto dan Killer Bee, Jinchuriki raksasa berekor lapan, menuju medan perang menolak untuk duduk kembali seperti yang diarahkan. Semasa konflik, ia mendedahkan bahawa Tobi sebenarnya Uchiha Obita, bekas rakan sepasukan Kakashi yang sebenarnya telah mati, tetapi dia telah diselamatkan oleh Uchiha Madara sebenar dan telah bekerja dengannya sejak itu. Sasuke belajar sejarah Konoha dari abangnya dan bekas Hokage, dia memutuskan untuk melindungi kampung dan bergabung kembali dengan Naruto dan Sakura untuk menghentikan rancangan Madara dan Obito, telah mengawal raksasa berekor sepuluh. Namun, setelah raksasa berekor sepuluh dikalahkan, tubuh Madara akhirnya dimiliki seperti Ootsutsuki Kaguya, seorang puteri purba yang berniat untuk menundukkan seluruh umat manusia, dan Obito mengorbankan diri untuk membantu Pasukan 7 yang baru sahaja bersatu kembali untuk menghalang Kaguya. Setelah Kaguya dikalahkan, Madara mati juga, tetapi Sasuke memutuskan untuk mengambil kesempatan daripada keadaan ini dan mengawal semua ekor binatang untuk merealisasikan matlamatnya untuk mengakhiri sistem kampung semasa. Naruto berdepan dengan Sasuke untuk menghalangnya, dan setelah mereka hampir membunuh antara satu sama lain dalam pertempuran sengit, Sasuke mengakui kekalahannya dan berubah. Selepas perang, Kakashi dipilih untuk menjadi Hokage Keenam dan memberi pengampunan kepada Sasuke atas jenayah lampaunya. Beberapa tahun kemudian, Kakashi bersara dari jawatan Hokage dan Naruto mengambil alih tempatnya menjadi Hokage Ketujuh.