Nama Negeri Sembilan mula digunakan sejak abad ke-16 untuk merujuk kepada persekutuan petempatan atau "nagari" yang telah dibuka oleh orang Minangkabau di Semenanjung Tanah Melayu iaitu:[4]

1. Segamat (kini menjadi sebahagian dari Johor)
2. Naning (kini menjadi sebahagian dari Melaka)
3. Rembau
4. Sungei Ujong
5. Johol (kini kekal dalam Negeri Sembilan moden)
6. Jelebu (kini kekal dalam Negeri Sembilan moden)
7. Hulu Pahang (kini sebahagian dari Pahang)
8. Jelai (kini sebahagian dari Pahang)
9. Klang (kini sebahagian dari Selangor).

Saiz Negeri Sembilan sekarang lebih kecil berbanding saiz Negeri Sembilan yang asal.