Pengisytiharan Kemerdekaan Republik Indonesia juga mencetuskan banyak pemberontakan dan keganasan di sesetengah kawasan tempatan seperti Pembunuhan Beramai-ramai Sulawesi oleh Raymond Westerling, dan Revolusi Sosial Sumatera Timur, kedua-dua ini pada tahun 1946, serta Laskar Hitam. Kesemua ini dilakukan oleh kedua-dua kumpulan yang taat setia kepada pihak Belanda serta kumpulan anti Belanda terhadap satu sama lain, dan juga oleh tentera awam militia tempatan yang hanya mengambil kesempatan terhadap keadaan yang tidak tentu sebelum pengisytiharan kemerdekaan.