Penyakit pernafasan atau penyakit resporatori ialah istilah perubatan yang merangkumi keadaan patologi yang menjejaskan organ dan tisu yang membolehkan pertukaran gas dalam organisme yang lebih tinggi, termasuk keadaan-keadaan pada trakus pernafasan atas, trakea, bronkus, bronkiol, alveolus, pleura dan rongga pleura, serta saraf dan otot pernafasan. Penyakit pernafasan terdiri daripada yang ringan dan terhad seperti selesema, kepada yang mengancam nyawa seperti pneumonia bakteria, embolisme paru-paru, dan barah paru-paru.Bidang pengkajian penyakit pernafasan dikenali sebagai pulmonologi. Doktor yang berkepakaran dalam penyakit pernafasan dikenali sebagai ahli pulmonologi, pakar perubatan dada, pakar perubatan pernafasan, ahli respirologi atau pakar perubatan toraks.