Raja Temenggung Muar ialah pemerintah wilayah Muar yang berada di bawah kekuasaan Kesultanan Johor-Riau-Lingga-Pahang. Raja Temenggung Muar telah diberikan autonomi oleh Sultan Johor dalam menjalankan roda pemerintahan Muar. Muar adalah anugerah daripada Sultan Johor, Sultan Ibrahim Shah kepada Dato' Pasir Diraja atau nama sebenarnya Sayyid Jaafar sebagai hadiah maskahwin kerana Sultan Ibrahim mengahwini adinda Dato' Pasir Diraja Sayyid Jaafar yang bergelar Marhum Bakal yang kelak melahirkan Sultan Mahmud Shah II atau Marhum Mangkat Dijulang. Keturunan beliau terus memerintah Muar sehingga zaman pemerintahan Maharaja (Sultan) Abu Bakar.