Penghijrahan manusia ke rantau ini dipercayai berlaku kira-kira 20,000-30,000 tahun dahulu. Dipercayai, bahawa manusia awal ini adalah daripada bangsa Australoid dan juga Negrito. Gelombang penghijrahan manusia yang seterusnya dipercayai adalah daripada bangsa Austronesia Mongoloid yang berlaku sekitar 3000 SM.

Empayar Brunei

Pada awal abad ke-7, sebuah komuniti yang dikenali sebagai Vijayapura, juga berkaitan dengan Empayar Srivijaya telah dijangkakan mempunyai kaitan dengan Empayar Brunei yang wujud di sekitar pantai laut Borneo.[14] Satu lagi kerajaan yang disyaki telah wujud awal abad ke-9 adalah Po Ni, kerajaan ini telah dipercayai wujud pada muara Sungai Brunei dan merupakan pendahulu kepada Kesultanan Brunei.[15] Kesultanan Brunei bermula selepas pemerintah Brunei memeluk Islam. Semasa pemerintahan sultan kelima yang dikenali sebagai Bolkiah antara 1473-1524, wilayah kekuasaan sultan merangkumi Sabah, Kepulauan Sulu dan Manila di utara, dan Sarawak sehinggalah Banjarmasin di selatan.[16] Pada tahun 1658, Sultan Brunei menyerahkan bahagian utara dan timur Borneo kepada Sultan Sulu atas keberhasilan dalam menyelesaikan sebuah perang saudara yang berlaku di Brunei, tetapi banyak sumber mengatakan Brunei tidak pernah menyerahkan sedikit pun tanah di bahagian Sabah kepada Kesultanan Sulu.[17]

Borneo Utara British

Alexander Dalrymple, seorang pegawai Syarikat Hindia Timur Inggeris yang telah menyimpulkan satu perjanjian dengan Sultan Sulu bagi membolehkan beliau menubuhkan sebuah pos perdagangan di kawasan Sulu.

Pada tahun 1761, Alexander Dalrymple, seorang pegawai Syarikat Hindia Timur British menyimpulkan satu perjanjian dengan Sultan Sulu untuk membolehkan beliau menubuhkan sebuah pos perdagangan pada sebahagian kawasan Sabah yang terletak di bawah kekuasaan Sulu, walaupun ramai yang menjangkakan ia akan menemui kegagalan.[18] Pada tahun 1846, pulau Labuan di pantai barat Sabah telah diserah kepada pihak British oleh Sultan Brunei dan pada tahun 1848 ia telah menjadi jajahan British dengan perjanjian penyerahan dari Sultan Brunei diperbaharui pada 1877, manakala bahagian pantai timur Sabah diserahkan oleh Kesultanan Sulu pada 1878.[19][20][21] Berikutan satu siri pemindahan, hak ke atas Borneo Utara telah dipindahkan ke Alfred Dent, dimana pada tahun 1881 telah dibentuk Persatuan Provinsi Borneo Utara British yang merupakan pendahulu kepada Syarikat Borneo Utara British.[22] Pada tahun berikutnya, Syarikat Borneo Utara British telah dibentuk dan Kudat telah dijadikan sebagai pusat pemerintahan. Namun pada tahun 1883, pusat pemerintahan telah dipindahkan ke Sandakan. Pada tahun 1885, British, Sepanyol, dan Jerman menandatangani Protokol Madrid bagi mengiktiraf kedudukan Sepanyol di Kepulauan Sulu dan sebagai balasan, Sepanyol melepaskan semua tuntutannya ke atas Borneo Utara.[23] Pada tahun 1888, Borneo Utara telah menjadi naungan British.

Di sebalik status sebagai salah satu negeri di Malaysia yang diiktiraf di peringkat antarabangsa, Filipina meletakkan tuntutan yang sangat aktif terhadap bahagian timur Sabah, yang mana Malaysia telah menolak ia sebagai "bukan isu".[24]

Pendudukan Jepun

Sebagai salah satu siri dalam Perang Dunia Kedua, tentera Jepun telah mendarat di Labuan pada 1 Januari 1942 dan terus menguasai seluruh pulau Borneo. Dari tahun 1942-1945, angkatan tentera Jepun telah menguasai Borneo Utara dan pulau-pulau disekelilingnya. Pengeboman oleh Tentera Bersekutu juga telah menyebabkan banyak kemusnahan bandar-bandar, antara yang paling teruk adalah Sandakan. Di Sandakan juga telah dibina sebuah kem yang dikendalikan oleh pihak Jepun bagi menyiksa tawanan perang British dan Australia. Tahanan tersebut menderita pada keadaan yang sangat tidak berperikemanusiaan, dan pengeboman oleh pihak Tentera Bersekutu telah menyebabkan Jepun terpaksa memindahkan kemnya ke pedalaman Ranau yang berada pada 260 kilometer. Semua bilangan banduan telah dikurangkan kepada 2,504 dan juga dipaksa untuk berarak ke Kawat Maut Sandakan. Kecuali bagi enam tahanan Australia, dimana semua banduan telah meninggal dunia ketika itu. Perang ini berakhir pada 10 September 1945. Selepas tentera Jepun menyerah kalah, Borneo Utara telah ditadbir oleh Pentadbiran Tentera British dan pada tahun 1946 negeri ini dengan rasminya menjadi Jajahan mahkota British. Jesselton telah menggantikan Sandakan sebagai pusat pemerintahan dan British terus memerintah Borneo Utara.

Pemerintahan Sendiri

Selepas tamatnya Perang Dunia II, wilayah ini telah ditadbir oleh Pentadbiran Tentera British dan kemudian dipindahkan kepada kerajaan Jajahan Mahkota pada tahun 1946 disebabkan oleh Syarikat Borneo Utara British mengalami kesulitan disebabkan kos yang tinggi untuk membina semula Borneo Utara.[25][26] Tugas memulihkan wilayah ini diambil alih oleh kerajaan jajahan Mahkota dengan gabenor Jajahan Mahkota pertama yang dilantik ialah Edward Twining pada 5 Mei 1949.[25] Ralph Hone telah menggantikan beliau untuk meneruskan pembinaan semula Borneo Utara dan kemudian Roland Turnbull sehingga gabenor terakhir Jajahan Mahkota William Goode.[25] Setelah semua projek pembinaan semula telah selesai, kerajaan Jajahan Mahkota kemudian mengambil keputusan untuk memberikan pemerintahan sendiri kepada Borneo Utara pada 31 Ogos 1963 iaitu 16 hari sebelum penubuhan Persekutuan Malaysia pada 16 September 1963.[25][27][26] Tarikh 31 Ogos 1963 juga merupakan Hari Kemerdekaan Sabah.[28]

Persekutuan Malaysia

Pengisytiharan Malaysia telah diadakan di Jesselton, Borneo Utara pada 16 September 1963.

Pada 31 Ogos 1963, Borneo Utara telah mencapai pemerintahan sendiri dan pada tahun 1962, Suruhanjaya Cobbold telah ditubuhkan oleh pihak British bagi memungut dan menentukan pandangan rakyat negeri ini dan juga Sarawak sama ada menyokong cadangan untuk membentuk Persekutuan Malaysia ataupun sebaliknya. Suruhanjaya ini ternyata digemari oleh penduduk dan kebanyakan pemimpin masyarakat etnik Sabah seperti, Tun Mustapha yang mewakili umat Islam, Tun Fuad Stephens mewakili pribumi yang bukan Islam, dan Khoo Siak Chew yang mewakili kaum Cina menyokong pembentukan. Akhirnya pada 16 September 1963, Borneo Utara dengan rasminya bersatu dengan Tanah Melayu, Sarawak dan juga Singapura bagi membentuk Persekutuan Malaysia.[29][30][31]

Sebelum pembentukan Malaysia sehingga tahun 1966, Indonesia telah mengamalkan dasar bermusuhan ke atas pihak British yang berselindung disebalik Tanah Melayu, dan apabila wujudnya Malaysia. Perang telah diisytiharkan berpunca dari apa yang dianggap Presiden Indonesia iaitu Sukarno sebagai pengembangan pengaruh British di rantau ini dan niat mereka untuk merampas kawalan ke atas keseluruhan Borneo yang berada di bawah kekuasaan Republik Indonesia. Tun Fuad Stephens telah menjadi ketua menteri Sabah yang pertama. Manakala, Tun Mustapha menjadi Yang di-Pertua Negeri yang pertama. Sabah mengadakan pilihan raya negeri yang pertama pada tahun 1967. Sehingga 2013, sebanyak 11 pilihan raya negeri telah diadakan. Sehingga kini, Sabah sudah mempunyai 14 ketua menteri dan 10 Yang di-Pertua Negeri. Mulai tahun 1970, pelarian Filipina dari Mindanao yang terdiri daripada Orang Moro dan Suluk mulai tiba di Sabah hasil daripada Pemberontakan di Selatan Filipina dan mula mengambil tempat dalam wilayah.[32] Pada 14 Jun 1976, kerajaan Sabah telah menandatangani perjanjian dengan Petronas, iaitu syarikat gali minyak dan gas milik kerajaan persekutuan, namun pembahagian hak bagi pengeluaran dan hasil daripada petroleum yang ditemui di perairan Sabah hanyalah sebanyak 5%.[33]

Kerajaan negeri Sabah telah menyerahkan Pulau Labuan dan 6 pulau kecil di sekelilingnya kepada kerajaan persekutuan Malaysia dan pada 16 April 1984, ia telah diisytiharkan sebagai Wilayah Persekutuan. Pada tahun 2000 pula, Kota Kinabalu telah diisytiharkan status bandaraya, menjadikannya bandar ke-6 di Malaysia dan merupakan bandar pertama di negeri ini. Juga pada tahun tersebut, Taman Negara Kinabalu telah diiktiraf oleh UNESCO sebagai Tapak Warisan Dunia menjadikan ia tapak warisan yang pertama di negara ini yang mendapat pengiktirafan seperti itu. Pada tahun 2002, Mahkamah Keadilan Antarabangsa telah memutuskan bahawa Pulau Sipadan dan Ligitan yang telah lama menjadi isu hangat di antara Indonesia dan Malaysia adalah sebahagian dari Sabah dan juga Malaysia.[34]

Pertikaian Borneo Utara

Pertikaian Borneo Utara adalah hasil daripada tuntutan pihak Filipina terhadap kawasan bahagian timur Sabah di Malaysia (Sabah dikenali sebagai Borneo Utara sebelum pembentukan Persekutuan Malaysia pada tahun 1963). Filipina, melalui warisan Kesultanan Sulu menyatakan bahawa Sabah hanya dipajak oleh Syarikat Borneo Utara British dan Sulu masih mempunyai kedaulatan ke atasnya. Walau bagaimanapun, Malaysia menganggap pertikaian ini sebagai "bukan isu", kerana sudah sememangnya tidak ada keinginan dari rakyat sebenar Sabah untuk menjadi sebahagian daripada wilayah Filipina atau Kesultanan Sulu.[35][36] Seperti yang telah dinyatakan oleh Setiausaha Agung Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu yang ke-3 iaitu U Thant, kemerdekaan Borneo Utara adalah hasil daripada hasrat majoriti rakyat wilayah tersebut sendiri pada pilihan raya 1963.[37]

Ini diperkukuh lagi dengan pernyataan Mahkamah Keadilan Antarabangsa bahawa,

“

... Tidak kira bagaimana menuntut, berdasarkan instrumen undang-undang lama atau kuasa, (kecuali dalam keadaan yang paling luar biasa) mengguna pakai undang-undang ke atas hak yang bukan merupakan pemerintahan sendiri ke atas orang yang hendak menuntut kemerdekaan dan mewujudkan kedaulatan mereka melalui penentuan nasib sendiri.[37]

”