Para mubaligh awal di Tanah Melayu, Sarawak dan Borneo Utara menjadi perintis dalam penubuhan sekolah-sekolah Inggeris di Malaysia. Mereka bukan sahaja memainkan peranan sebagai paderi di gereja tetapi juga menjadi pengetua dan guru di sekolah. Sekolah-sekolah ini dibina atas tanah yang dibeli untuk gereja dan sekolah, atau didermakan oleh masyarakat setempat. Sekolah mubaligh Methodist bermula dalam tahun 1880-an apabila Rev. William F. Oldham memulakan Anglo-Chinese School di Singapura pada 1 Mac 1886. Lima tahun kemudian, Sekolah Anglo-Chinese telah dibuka di Pulau Pinang. Antara pengasas pengetua yang lain termasuk Rev. G.F. Pykett, Rev. James Hoover, Rev. Preston Peach dan Rev. Dr. Ho Seng Ong. Sekolah-sekolah ini telah ditubuhkan di Negeri-Negeri Selat dan Negeri-Negeri Melayu Bersekutu di Semenanjung Malaysia. Sebahagian daripada sekolah-sekolah ini telah ditubuhkan oleh kerajaan penjajah British dan kemudian diserahkan kepada mubaligh Methodist untuk diuruskan. Sebagai contoh, Sekolah Treacher Methodist Girls' School, Taiping asalnya ditubuhkan pada tahun 1889 oleh Lady Treacher, iaitu isteri Residen British di Perak pada masa itu, Sir William Hood Treacher. Sekolah ini kemudiannya diserahkan kepada mubaligh Methodist sepuluh tahun kemudian. Begitu juga dengan Sekolah Perempuan Methodist, Kuala Lumpur yang ditubuhkan pada tahun 1896 kemudiannya diserahkan kepada mubaligh Methodist empat tahun kemudian. Horley Methodist School, Teluk Intan yang ditubuhkan pada tahun 1899 juga kemudian diserahkan kepada mubaligh Methodist empat tahun kemdian, dan Sekolah Anglo-Chinese, Klang yang ditubuhkan pada tahun 1893 diserahkan kepada mubaligh Methodist 12 tahun kemudian. Terdapat lebih kurang 30 buah Sekolah Menengah Kebangsaan Methodist di Malaysia.