(2012 - 2015)Tuan HJ Mohamad Alim Bin Konting SM Sains Batu Pahat diserahkan oleh pihak kontraktor kepada kerajaan Malaysia pada 21 Mac 2012. Serentak dengan itu, pihak Bahagian Pengurusan Sekolah Berasrama Penuh dan Sekolah Kecemerlangan (BPSBPSK) telah melantik Cikgu Mohammad Azman bin Abdul Hamid sebagai Penyelaras Sekolah. Dengan keluasan 50 ekar, sekolah yang berlokasi di KM8, Jalan Tanjung Laboh, 83000 Batu Pahat, Johor merupakan Sekolah Berasrama Penuh yang ke-65 di negara ini. Sesuai dengan matlamat penubuhannya, sekolah ini telah dilengkapi dengan prasarana pendidikan terkini bagi melahirkan modal insan yang berdaya saing dalam pentas dunia. Keadaan ini bersesuaian dengan Falsafah Pendidikan Kebangsaan selaras dengan aspirasi pendidikan Sekolah Berasrama Penuh. Lokasi sekolah yang dikelilingi pergunungan dan kehadiran pelangi yang sering kelihatan di sebalik Gunung Banang menenangkan suasana. Kedudukannya berjajaran dalam hub pendidikan Parlimen Batu Pahat seperti Sekolah-sekolah, Institut Pengajian Pendidikan Tinggi dan juga Kem Tentera Darat. Pada 2 Mei 2012, seramai 90 orang pelajar Tingkatan 1 telah mendaftar di sekolah ini selain 16 orang tenaga pengajar. Pelajar-pelajar dan tenaga pengajar ini merupakan kumpulan pertama yang akan menjadi perintis kepada kecemerlangan SM Sains Batu Pahat pada masa akan datang.Kini, Sekolah Menengah Sains Batu Pahat diterajui oleh Pengetua, TN HJ MOHAMAD ALIM BIN KONTING. Dibantu oleh Cikgu Mohammad Azman bin Abdul Hamid selaku Guru Penolong Kanan Pentadbiran, Cikgu Abdul Aziz bin Husin Guru Penolong Kanan Hal Ehwal Murid, dan Cikgu Hajah Zoriah binti Abdul Ghaffar, Guru Penolong Kanan Kokurikulum. Seramai 58 orang guru telah melaporkan diri setakat tahun 2017.Sekolah ini dikenali sebagai SEHEBAT yang merupakan gabungan huruf-huruf daripada perkataan SEkolaH mEnengah sains Batu pAhaT. Sehebat membawa maksud sangat hebat, paling hebat, hanya satu yang hebat atau sama hebat. Dalam bahasa Inggeris Sehebat membawa maksud as great as atau bolehlah dikenali sebagai SCHOOL of ENDURANCE, HONOUR, EXCELLENCE, BRILLIANCE, AMBITION and TACT.Pada tahun 2014 seramai 64 orang guru dan 20 orang anggota kumpulan sokongan bersama-sama membangunkan SEHEBAT. Pentadbir masih diterajui oleh Cikgu Haji Hamsi bin Jamhari, dibantu oleh Cikgu Mohammad Azman bin Abdul Hamid selalu Guru Penolong Kanan Pentadbiran, manakala Guru Penolong Kanan Hal Ehwal Murid ialah Cikgu Abdul Aziz bin Husin dan Cikgu Hajah Zoriah binti Abdul Ghafar selaku Guru Penolong Kanan Kokurikulum. Barisan Guru Kanan Mata Pelajaran pula ialah Cikgu Zaleha binti Yaacob selaku Guru Kanan Mata Pelajaran Bahasa, Cikgu Shamsul Bahrin bin Suhud selalu Guru Kanan Mata Pelajaran Kemanusiaan, Cikgu Noraini binti A Ghani selaku Guru Kanan Mata Pelajaran Sains dan Matematik manakala Guru Kanan Mata Pelajaran Teknik dan Vokasional ialah Cikgu Faridah Binti Yunus.