Jonin, '上忍' {Ninja atasan) secara amnya ialah ninja yang berpengalaman dengan kemahiran ninja individu yang tinggi dan berkhidmat sebagai kaptain ketenteraan. Mereka biasanya ditugaskan dengan misi pangkat-A dan Jonin yang benar-benar berpengalaman mungkin akan ditugaskan dengan misi pangkat-S (sangat berisiko dan sukar untuk dilaksanakan). Mereka juga boleh ditugaskan untuk menjalani misi keseorangan. Kadang kala mereka boleh diamanahkan sebagai guru untuk pasukan Genin tiga orang. Masih belum dijelaskan perkara-perkara yang perlu dilalui untuk seseorang menjadi Jonin. Adalah diketahui bahawa kebanyakan Jonin boleh menggunakan sekurang-kurangnya jurus yang melibatkan dua elemen.