Indonesia merupakan sebuah negara kepulauan yang terdiri daripada 18,108 pulau (menurut semakan satelit terakhir). Hanya 6,000 buah pulau yang dihuni. Di bawah ini disenaraikan nama bagi pulau-pulau utama Indonesia: Beberapa pulau di sempadan mengalami tuntutan bertindih di mana dua atau lebih negara membuat tuntutan hak milik. Pihak pemerintah Indonesia kini sedang mengadakan usaha pemetaan dengan bersungguh-sungguh bagi mengemaskini daftar kepulauan yang dituntut oleh mereka.