Sultan Ibrahim meneruskan usaha ayahandanya dan mengekalkan kebebasan dan kedaulatan Johor. Oleh sebab baginda tidak mahu dijajah oleh pihak British, baginda melakukan pelbagai perubahan dan pindaan terhadap perlembagaannya pada tahun 1895. Kerumitan pentadbiran kewangan negeri Johor dan kebarangkalian meletusnya perang besar di Eropah (Perang Dunia Pertama) menimbulkan kerisauan dan perasaan gelisah di kalangan pentadbir British. Mereka mendesak Sultan Sir Ibrahim untuk menerima Penasihat Inggeris untuk membantu mentadbir negeri Johor. Sultan Sir Ibrahim pada hakikatnya kehilangan kebebasan mentadbir negeri Johor. Sebagai balasan, Pentadbiran Negeri-Negeri Selat (British) bersetuju kepada penubuhan satu pasukan Askar Timbalan Setia yang berikrar taat setia kepada Sultan Johor. Askar Timbalan Setia boleh dilihat sebagai tentera peribadi Sultan Johor.

Melalui pindaan pada tahun 1914, Sultan Ibrahim telah membenarkan orang asing bukan rakyat Johor, termasuk rakyat British, menjadi ahli dalam Majlis Mesyuarat Negeri. Seterusnya pada tahun itu juga, Sultan Ibrahim menerima seorang Penasihat Am British. Tugasnya adalah menasihati baginda dalam bidang pentadbiran dan pemerintahan negeri Johor. Walau bagaimanapun, Penasihat Am tidak mempunyai kuasa seperti kuasa Residen dan Penasihat British di negeri-negeri Melayu yang lain, dan nasihatnya tidaklah semestinya dituruti oleh baginda. Pindaan ini telah menambahkan penguasaan British ke atas Johor secara tidak langsung.