Sungai Johor merupakan sungai utama di negeri Johor, Malaysia. Sungai ini adalah sepanjang 122.7 km dan mengalir mengikut arah kasar utara-selatan, berasal dari Gunung Gemuruh dan mengosong ke dalam Selat Johor. Anak-anak sungainya yang penting termasuklah Sungai Sayong, Linggiu, Tiram dan Lebam. Tebingnya juga terletaknya ibu negeri lalu Johor.[Penjelasan diperlukan] Jambatan Sungai Johor, secara rasmi dibuka pada Jun 2011, merupakan jambatan pertama merentasinya dan kini merupakan jambatan sungai terpanjang di Malaysia.