Sungai Papar ialah sungai di Bahagian Pantai Barat, barat laut Sabah Malaysia. Ia mempunyai panjang 60 km (37 mi) dari kawasan pergunungannya di pergunungan barat laut Sabah ke cawangannya di Laut China Selatan, barat laut bandar Papar. Sumbernya berasal dari pegunungan di pedalaman Papar, Penampang dan Distrik Tuaran, yang merupakan bagian dari sistem Banjaran Crocker.[2] Ini termasuk Babagon, Bonobukan, Buayan, Papar Tengah, Gramatoi, Himpangno, Kaiduan, Kalangan, Kawari, Kogopon, Lingan, Mandalipau, Marahang, Padawan, Terian, Tiku dan Ulu Papar.[1]