Sebagai pusat Kawasan Tokyo Raya, Tokyo merupakan pusat pengangkutan keretapi, darat dan udara domestik dan antarabangsa di Jepun. Pengangkutan awam di dalam Tokyo dikuasai oleh rangkaian tren dan laluan bawah tanah meluas yang "bersih dan cekap"[24] dan dikendali oleh pelbagai syarikat, dengan bas, monorel dan trem sebagai alat penghantar sekunder.

Di dalam Ōta, salah satu daripada 23 wad khas di Tokyo, Lapangan Terbang Haneda ("Tokyo") mengetengahkan penerbangan domestik. Di luar Tokyo, Lapangan Terbang Antarabangsa Narita, di Wilayah Chiba merupakan gerbang utama untuk pelancong antarabangsa ke Jepun. Syarikat-syarikat penerbangan Japan Airlines, All Nippon Airways, Air Japan dan Delta Air Lines semuanya menjadikan Narita sebagai hab penerbangan.

Sesetengah pulau dalam tadbiran Tokyo juga ada lapangan terbang sendiri. Hachijōjima (Lapangan Terbang Hachijojima), Miyakejima (Lapangan Terbang Miyakejima), dan Izu Ōshima (Lapangan Terbang Oshima) juga menyediakan perkhidmatan untuk ke LTA Tokyo dan lapangan-lapangan terbang yang lain.

Tren merupakan kaedah pengangkutan utama di Tokyo yang mempunyai rangkaian rel bawah tanah yang paling menyeluruh di dunia dan juga rangkaian landasan atas tanah yang sama besarnya. JR East mengendali rangkaian rel terbesar di Tokyo, termasuk landasan gelung Aliran Yamanote yang mengitari tengah-tengah pusat bandar Tokyo. Rangkaian bawah tanah dikendali oleh dua pertubuhan berasingan, iaitu Tokyo Metro milik swasta dan Biro Pengangkutan Metropolitan Tokyo kendalian kerajaan. Kerajaan metropolitan dan pengusaha swasta bersama-sama mengendali laluan bas. Perkhidmatan setempat, serantau dan seluruh negara juga tersedia, dengan terminal-terminal utama di stesen-stesen keretapi besar termasuk Tokyo, Shinagawa, dan Shinjuku.

Lebuh raya menghubungkan ibu negara dengan tempat-tempat lain di kawasan Tokyo Raya, kawasan Kantō, dan pulau-pulau Kyūshū dan Shikoku.

Antara kaedah pengangkutan lain termasuk teksi yang beroperasi di wad-wad khas, bandaraya dan bandar-bandar, dan juga feri perjalanan jauh yang berkhidmat di pulau-pulau Tokyo untuk mengangkut penumpang dan barangan ke pelabuhan domestik dan antarabangsa.