Beliau telah berkahwin dengan seorang gadis Korea Selatan yang hanya dikenali sebagai Chloe di Cote d'Azur, Perancis pada 14 Oktober 2017.[37]

Fernandes sebelum ini berkahwin dengan Deborah Lee Bergstrom pada 1 Jun 1994. Mereka mempunyai seorang anak perempuan dan seorang anak lelaki, Stephanie dan Stephen[38] (masing-masing berusia 23 dan 16 tahun pada 2017) menurut The Independent. Stephanie menamatkan pengajian di Universiti Durham pada 26 Jun 2015 sementara adiknya masih belajar di Kuala Lumpur, Malaysia.

Beliau tidak bertutur dalam bahasa Melayu.[33]