Di samping kampus utama terletak di Minden, USM mempunyai dua kampus lain; Kampus Kejuruteraan di Seri Ampangan, Nibong Tebal, Seberang Perai dan Kampus Kesihatan di Kubang Kerian, Kelantan.

Kampus Kesihatan mula beroperasi sebagai Hospital Universiti Sains Malaysia (HUSM) pada Ogos 1983. Kampus ini berkembang setelah Pusat Pengajian Sains Perubatan (PPSP) dipindahkan dari kampus induk ke lokasi sekarang seluas 72.84 hektar. Keseluruhan PPSP berpindah dari kampus induk pada Jun 1990. Setelah itu, dua buah pusat pengajian baru ditubuhkan iaitu Pusat Pengajian Sains Pergigian (PPSG) dan Pusat Pengajian Sains Kesihatan (PPSK).

Kampus Kejuruteraan yang juga asalnya terletak di kampus induk sebelum dipindahkan ke Tronoh, Negeri Perak, berpindah ke Nibong Tebal pada 1997 secara berperingkat-peringkat.[10] Tapak itu kini digunakan oleh Universiti Teknologi Petronas.