Universiti Sains Malaysia berada pada kedudukan ke-111 mengikut Kedudukan Universiti Dunia 2004 yang diterbitkan oleh the Times Higher Education Supplement.[11] Walau bagaimanapun, ia terus terkeluar daripada senarai 200 universiti terbaik di dunia pada 2005. Naib Canselor USM Prof Datuk Dr Dzulkifli Abdul Razak berkata terdapat penambahan ukuran baru dalam proses penilaian yang melibatkan sumbangan yang kukuh bagi menentukan kedudukan universiti:

Prof. Dzulkifli menyatakan mengenai pemberian nisbah di universiti Malaysia:

Di Malaysia, USM mendapat tempat terakhir dalam Sistem Penarafan Institusi Pengajian Tinggi Awam (Setara) 2007 bagi kategori universiti penyelidikan.[12] Secara keseluruhan pula, USM memperoleh skor 3 (baik).[13] Bagaimanapun pada 2008, USM telah dinaikkan taraf ke Universiti APEX yang menjadi peneraju utama ke arah kecemerlangan pendidikan di Malaysia.[14] Namun demikian, USM menjadi satu-satunya universiti di Malaysia yang kedudukannya merosot dalam Times Higher Education-QS World University Rankings 2008 apabila jatuh dari tangga 307 kepada 313.[15] Pada tahun 2009, setelah USM berusaha dengan tekun, ia diletakkan di nombor 114 mengikut THES-QS World University Rankings 2009 di dalam bidang Life Sciences & Biomedicine. Kedudukan ini adalah yang paling tinggi untuk sebuah universiti di Malaysia di bidang Sains Kehidupan dan Bioperubatan. Kedudukan pada tahun 2010 di antara universiti negara-negara Asia di bawah kategori yang sama meletakkan universiti ini di tahap nombor 20 iaitu yang paling tinggi di Malaysia mengikut kedudukan 2010.[16]

Jadual berikut menunjukkan kedudukan Universiti Sains Malaysia mengikut THES - QS World University Rankings yang diterbitkan oleh Times Higher Education Supplement (THES) dan Quacquarelli Symonds (QS).