Vaksin dikenali dalam sejarah sebagai suatu cara yang berkesan untuk melawan dan membasmi penyakit berjangkit, namun keberkesanannya ada juga batasnya.[8] Perlindungan kadangkalanya gagal kerana sistem imun badan tidak dapat bertindak balas dengan secukupnya mahupun secara langsung. Tindak balas yang kurang biasanya berlaku daripada faktor-faktor kesihatan yang wujud seperti diabetes, penggunaan steroid, HIV ataupun usia.[petikan diperlukan] Vaksin boleh juga gagal berkesan disebabkan faktor genetik seperti tiadanya strain sel B yang boleh menghasilkan antibodi yang sesuai bertindak balas serta bergabung dengan antigen yang menghasilkan patogen.

Keberkesanan atau prestasi vaksin bergantung kepada beberapa faktor:

• penyakit itu sendiri (ada vaksinasi yang lebih berkesan terhadap sesetengah penyakit orang lain)
• strain vaksin (ada beberapa vaksin khusus, atau setidaknya yang paling efektif melawan, strain penyakit-penyakit yang tertentu)[9]
• sama ada perjadualan vaksin telah dilaksanakan dengan baiknya.
• Tindak balas pelik terhadap vaksinasi: ada sesetengah golognan yang malar terhadap tertentu, di mana mereka tidak akan menghasilkan antibodi meskipun vaksinasi dilakukan dengan betul.
• berbagai faktor lain seperti etnik, usia mahupun kecenderungan genetik.

Jika seorang individu yang telah disuntik dengan vaksin menzahirkan penyakit yang bertindak melawan vaksin (breakthrough infection), penyakit ini barangkali kurang menular berbanding pada mangsa-mangsa yang tidak menjalani pemvaksinan.[10]

Vaksin-vaksin telah menyumbangkan kepada pembasmian cacar, salah satu penyakit yang paling berjangkit dan boleh membawa maut kepada manusia. Jangkitan penyakit-penyakit lain seperti rubella, polio, demam campak, gondok, cacar air dan tipus tidak lagi berlaku sekerap seratus tahun yang lalu. Wabak penyakit kini lebih sukar untuk berlaku mahupun tersebar dengan adanya banyak orang yang menjalani vaksinasi. Kesan ini adalah dipanggil imuniti kelompok. Polio, yang dihantar hanya antara manusia, menjadi sasaran sebuah kempen pembasmian meluas yang telah megehadkan perebakan penyakit tersebut kepada kawasan-kawasan tertentu di tiga negara iaitu Afghanistan, Nigeria, dan Pakistan).[11] Bagaimanapun, kesukaran mencapai semua kanak-kanak serta salah faham dengan masyarakat telah menyebabkan tempoh pembasmian penyakit tersebut dilewatkan beberapa kali.